电脉冲杀菌装置主要由脉冲发生器、控制开关、进料泵、处理室和冷却系统几部分组成，其中脉冲发生器和处理室是装置的关键部分。处理室两电极一端接高压脉冲电源，另一端接地。采用泵送方式将待杀菌的液态或半液态食品送进处理室，然后经过高压脉冲电场杀菌，处理时会产生一定的热量引起食品升温(一般操作中食品的最高温度低于50℃)，为了使物料温度不致过高，可以通过冷却系统降温。
使用该技术应综合考虑电场强度、脉冲波形、杀菌时间、食品电导率和细菌的种类、数量、生长期等多种因素，以确定最佳的杀菌方案。电脉冲杀菌的电场强度一般为5~80kV/cm，放电频率为1～20Hz，处理波数为数十到数千个。采用的脉冲波形有指数衰减波、方波和振荡波，其中方波杀灭微生物的效率最高，指数波次之，震荡波最低。
