关于在疏水色谱分离技术进行分离的概念最早在1948年就由Tiselius提出，“疏水作用”一词是Kauzmann于1959年首次在“蛋白质进展”杂志中提出的，随后陆续有学者发表用疏水层析成功分离蛋白质的文献报道；如钙调蛋白、苯丙氨酸裂解酶、凝集素等。该技术真正得到发展和应用是在20世纪70年代早期开发出一系列适合进行疏水作用色谱的固定相以后。1972年，Erel Z.等人将不同链长的α，ω-二胺同系物键合在琼脂糖上，以不同pH的含盐缓冲液作流动相成功纯化了糖原磷酸化酶，开始确立了疏水层析在分离纯化某些疏水蛋白质、肽类等生物大分子的重要作用。此后随着新型色谱介质的开发生产和对机理认识的逐步深人，该技术得到了广泛的应用，并且随着高效疏水作用色谱介质的出现，HIC已在HPLC平台上被使用，称为高效疏水作用色谱（High performance hydrophobic interaction chromatography HP-HIC）。