重庆市人民政府是实验室建设与管理的责任主体，按照“省部共建、以省为主”的原则，突出特色优势、推动机制创新，将实验室作为吸引和培养人才的重要基地，在基地建设与运行管理、重大项目立项、对外交流合作等方面给予重点支持。建设运行期内，每年为实验室提供不低于600万元的专项经费支持，主要用于实验室日常运行、开放课题设立、人才引进培养、科研人员绩效奖励等。

科技部指导实验室同业务对口国家重点实验室建立学术交流与合作关系，提升实验室研究能力和水平；统筹技术创新引导专项和基地人才专项等国家科技计划支持实验室科研能力和科研基础条件建设。

重庆市科技局作为实验室的主管部门，建设运行期内，在中央引导地方科技发展专项资金中优先支持实验室发展，在市重大科技计划项目申报中给予优先立项支持，在实验室团队建设、高端人才引进、领军人才培养和科研条件建设等方面给予重点保障。

重庆交通大学是省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室的依托单位，须为实验室建设提供实验用房、科研仪器设施、科研经费等必要的基础条件，并在人才引进和培养等方面给予重点支持。建设运行期内，重庆交通大学每年提供1500万元经费支持，主要用于实验室设备购置、条件保障、日常运转、自主研究和对外合作交流，支持实验室探索建立符合科技创新规律的管理模式和制度，给予相对独立的科研自主权和人事决定权。