（一）知识产权出资范围认识不全面的法律风险
根据法律规定，广义范围内的知识产权均可以作为出资的形式。因此，版权以有关权利、商标、专利、非专有技术、厂商名称权、集成电路布图设计、未披露信息等都是可以利用的出资方式。
另外，即使可出资的知识产权种类众多，也面临具体出资形式选择的法律风险。因为知识产权种类不同，价值也可能不同，市场应用价值也可能存在区别，这些都是需要认真考虑的，必须选择相对成熟的并有广阔市场前景或商业价值的知识产权种类出资。
因此，对于高新技术企业来说，在创建初期以知识产权出资为主，但可出资的范围是比较大的，未获得专利保护的非专有技术同样可以出资，不应仅仅局限在专利或商标方面。否则，将不能充分发挥知识产权的广泛性和价值性，降低出资成功的机会。
（二）知识产权权利瑕疵的法律风险
对于技术出资方而言，应避免其存在任何知识产权合法性、完整性的法律风险。如果职务技术成果、软件职务作品等存在权属争议，将从根本上影响出资的成立。
因此，可考虑在投资协议或合同中写明：“投资方保证，所投入的高新技术投资前是其独家拥有的技术成果，与之相关的各项财产权利是完全的、充分的并且没有任何瑕疵”，并约定相应的缔约过失责任。
（三）知识产权出资价值评估中的法律风险
知识产权的评估价值关系到其市场应用及盈利价值，同时也关系到股权比例或控制权强度，所以依据客观、真实、全面的评估资料，选择科学合理的评估方法和专业评估机构是高新企业在技术出资过程中必须考虑的问题。
在评估过程中，忽视以下因素往往导致评估结果失误。
1、审核高新技术前期开发费用不实。
2、同类产品或技术的市场风险预测不准确，市场潜力和价值分析出现偏差。
3、后续开发费用投入预测失当。
如果评估失实或不当，技术出资方将在知识产权价值保护上承受重大不利。
（四）知识产权出资比例的法律风险
根据法律规定，知识产权出资的最高比例可达百分之七十，这说明法律鼓励以知识产权出资，但过高或过低的出资比例同样存在着法律风险。因此，必须根据实际情况选择合适的出资比例。
（五）知识产权有效期限制的法律风险
以工业产权中的专利权和商标权出资都必须在其有效期内，如果超过期限，就属于出资瑕疵了，而以非专利技术出资就无期限限制了，这也是需要引起重视的地方。
（六）出资后知识产权转移的法律风险
出资各方即使知识产权权属不存在争议，也同样面临者对技术拥有方转让知识产权的制约问题，因为这关系到资金出资方的风险利益，不当的流转或者交易，将可能不利于知识产权价值的维护和利用。
控股一家企业对控股方来讲，不仅具有可以并表核算的会计意义，更具有能掌握经营管理主动权的控制意义。真正控股一家企业，除了控股方投资比例占绝对优势外，还必须由控股方担任董事长，另外还有委派总经理、财务总监的提名权。这样，就能更有效地贯彻实行企业董事会的决议和管理理念。对于投资控股一家高新技术企业，更深一层的意义还在于控股股东能真正掌握所投资的那项高新技术，防止高新技术被移花接木、偷梁换柱，给投资方造成巨大的投资损失。
因此，在合作协议中，当事人如忽略或轻视技术成果的权属问题，或者约定含混、不明，容易导致争议发生，尤其是对技术开发方而言，造成知识产权保护的重大障碍。这种隐患将可能导致技术成果的组成部分被不正当的利用、泄露，或完整性缺失。
防止高新技术被擅自转让，在投资合作协议或公司章程中可考虑采取如下措施：
1、明确约定知识产权归公司所有
在组建高新技术企业的协议中列明高新技术投入前与投入后的所有权，并列入投资各方关于所投的高新技术的保证与承诺，以法律来约束投资各方处理高新技术成果的行为，而且只有知识产权出资在办理转让手续手续后，才真正能够属于企业所有和控制。
相应的可在公司章程中列入投资“各方声明条款”：与该项高新技术有关的专有技术（包括但不限于特定的生产流程、工艺及其他依据法律和惯例应当被合理地视为专有技术组成的技术秘密）的所有权属于组建的公司独家所有，各方承诺在任何时候、任何场合均不会提出相反意见，并不得以个人名义转让。
2、明确约定各方具有知识产权保密义务
限制各方对相关知识产权资料、技术秘密的使用和保密，如果不限定保密义务，不采取相应的保密措施，将会导致各方可能发生任意使用、转让或泄露的风险。
如果该高新技术被非法泄露，将严重影响到所设企业的商业存在价值和风险投资人的风险利益，因此，可考虑在高新技术企业的合同章程中列入有关高新技术的保密义务和泄密处罚条款，并通过制定完善的企业商业秘密制度防止商业秘密的泄露。
3、通过技术员工股权激励的方式保护知识产权
在股东利益的驱动下，科技人员带技术入股不仅有利于高新技术的运用，还有利于高新技术专利权的保护，同时使高新技术的后继发展也有了保障。如伊利集团就给予了核心技术骨干大量的股份期权，稳定了技术队伍和整个企业的核心竞争力。
综上所述，在知识产权出资中，高新技术企业主要面临来自知识产权范围认识不全面、知识产权权利瑕疵、知识产权评估不实、知识产权有效期限制、知识产权转移等方面的诸多法律风险。
