在矩阵式结构中，通常将职能部门的员工指派到一个或多个项目组中，由项目经理来领导。矩阵式结构创造了双重命令链，员工需要接受项目经理与职能经理的双重管理。矩阵式结构若能合理运用，既可以实现资源的优化配置，又能兼顾市场需求。此外，与职能式结构相比，矩阵式结构能够有效加强横向联系与协作，提高项目实施的灵活性，有利于激发员工的创新意识。
在组织的各种活动比较复杂，又相互依存时，它有助于各种活动的协调。随着组织的扩展，其信息处理能力可能会趋向饱和。复杂性会导致正规化程度的提高。在矩阵结构组织中，各种专家可以通过经常接触更好的进行交流，使组织比较灵活，并使信息传递迅速。双重权威可以避免组织成员只顾保护部门的利益而忽视组织整体目标的现象的发生。另外，便于专家高效配置，通过为组织提供更好的资源，并有效配置人、财、物等资源，实现规模经济提高组织运行效率。
