近年有些人主张将石松科分为石杉科（ Huperziaceae）和石松科（Lycopodiaceae）两科，石杉科茎短而直立，一至多回等位二叉分歧，孢子囊不聚成明显的穗状，有石杉属（Huperzia）和马尾杉属（Phlegmariurus）2属；石松科茎长而匍匐，不等位二叉分歧，孢子囊聚生枝顶成穗状，有5属，即石松属（Lycopodium）、扁枝石松属（Diphasiastrum）、灯笼草属（Palhinhaea）、小石松属（Lycopodiella）、藤石松属（Lycopodiastrum）；又将不分枝的另立为舌叶蕨科（Phylloglossaceae）。
