矿山废水的危害是多方面的，主要包括以下几个方面。
1、危害水生生物。矿山废水流人河流、湖泊，影响水生动植物的生长，造成鱼虾死亡甚至绝迹。
2、危害农业生产。矿山废水侵入农田或用于灌溉，造成土质钙化，破坏土层松散状态，可使农作物枯萎死亡造成减产甚至绝收。
3、腐蚀矿山设备。酸性矿山废水能严重腐蚀管道和通风、排水设备；经酸性水长期浸蚀过的混凝土或木质结构物，其强度及稳定性将会大大下降。
4、污染地下水。矿山废水通过土壤、岩层和裂缝渗透污染地下水，恶化水质不能饮用。
5、危害人体健康。矿山废水浸入饮用水源，含有微生物或病毒时，会引起疾病或传染病的蔓延；含酸量大时，会引起肠胃炎，甚至烧伤、死亡；含放射性的废水通过水照射和内照射对人体造成伤害危及生命：含氰化物时，因氰化物剧毒且毒效奇快，若人的口腔黏膜吸进一滴氢氰酸，瞬间即死。
