目前，全国各城市轨道交通大多由地方政府投资、运营、管理，具有强烈的地方色彩。国家层面尚未针对轨道交通出台专门的法律和行政法规，仅在2005年由建设部以部门规章的形式出台了《城市轨道交通运营管理办法》（建设部令第140号），无法适应城市轨道交通蓬勃发展的形势，因此各地政府纷纷出台政府规章将城市轨道交通的发展纳入法治轨道。

为适应福州市轨道交通建设发展的形势，对轨道交通的规划、建设、保护区、安全应急等方面的管理加以规范，以保障轨道交通建设的顺利进行。福州市城市地铁有限责任公司组织有关人员借鉴了北京、上海、广州、深圳、南京、杭州、苏州、宁波等兄弟城市做法，在充分调研的基础上草拟了《福州市轨道交通建设管理办法》报送市政府，由市法制办负责组织修改论证。

市法制办书面征求了五城区政府、市发改委、市建委、市国资委、市规划局等部门的意见，吸收采纳了合理的建议，多次对《办法》作了修改完善，于2013年9月经市政府第22次常务会议审议通过后，以市政府令的形式颁布实施。该《办法》的颁布实施为加强轨道交通科学管理，保障轨道交通运营安全提供了强有力的法律支持。