2009年7月底，中共福建省委八届六次全会作出了设立福州（平潭）综合实验区的决定。

2009年8月27日上午，福建省福州市平潭县召开四套班子联席会议，中共福州市委副书记、组织部长周振华在会上宣布了中共福建省委员会一项重要人事任命决定：杜源生同志任中共福州市委常委、福州(平潭)综合实验区管委会主任，全面主持实验区工作。

2009年9月3日，中共福州市委福州（平潭）综合实验区工作委员会、福州（平潭）综合实验区管理委员会正式成立，在当天召开的平潭县四套班子领导会议上，中共福州市委组织部副部长柳欣在会上宣布了中共福州市委员会关于福州（平潭）综合实验区人事任命决定：杜源生同志任中共福州市委福州（平潭）综合实验区管委会工作委员会书记，林义铭、陈东荣、陈文波任中共福州市委福州（平潭）综合实验区管委会工作委员会副书记；林义铭、陈东荣、陈文波、左美俊任福州（平潭）综合实验区管委会副主任；左美俊、金昌明、林杰、蓝桂兰、成苏明、欧小宁、俞天成、陈诗强、陈行武、林翔任中共福州市委福州（平潭）综合实验区管委会工作委员会委员。

福州（平潭）综合实验区在体制上将采取混合型管理模式，即实行“政区合一”（行政区 实验区）管理模式，以期实现机构精简、事权统一、运行高效。

2010年2月，福州（平潭）综合实验区更名为福建省平潭综合实验区，升格为地市级行政级别。