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主要职能是开展福建省水土保持科学试验、示范、推广及水土保持科技计划的组织实施;承担水土保持技术培训;开展国内外水土保持科技交流;协助编制水土保持规划、水土保持科技发展规划、水土保持生态环境监测规划;编制开发建设项目水土保持方案;负责全省水土保持监测工作的具体实施;承担全省水土流失动态监测与预测预报,定期提供全省水土流失动态监测报告;负责对市、县两级试验站、监测站的业务指导等。