宇宙飞船不仅仅用于对太阳系内的大行星及卫星进行近距离观察。1985-1986年哈雷彗星回归过程当中，有5艘飞船对它进行了近距离观测，有许多令人惊奇的发现。例如，哈雷彗星的核并非人们想象的球状，而是椭球状，气体和尘埃从核的表面几个活动区域喷出。

欧洲空间局的计划中，已经或即将开始对7个短周期彗星进行空间探测。它们是“深空1号”（DS1）计划、“星尘”计划、“等高线”计划、“罗塞塔”计划、“深空4号”（DS4）计划。其中DS1和DS4计划是与美国国家宇航局合作的。

于1998年10月发射的“深空1号”飞船，将飞越小行星3352号McAuliffe、火星、以及威尔逊-哈林顿彗星。飞船与彗星将于2000年6月相遇。DS1将以约15公里/秒的速度距彗核约500公里处飞过，对彗发、彗核进行观测。它首次采用了离子发动机。飞船于2010年5月将样品送回地球。

“星尘”在1999年2月发射，飞向怀尔德－2彗星，并将首次带回珍贵的彗星样品。

“深空4号”飞船将于2003年4月发射，于2005年12月进入环绕Tempel 1彗星的轨道，并于2006年4月将着陆器送上彗星表面作实验。最后，将彗星表面下不同深度的物质分装在3个不受外界影响的密封金属罐内，由着陆器的上半部将样品送回飞船。飞船于2010年5月将样品送回地球。

“罗塞塔”号太空探测器将于2012年靠近沃坦妮彗星进行科学探索。这个探测器分为两部分，届时将有一个登陆器降落在彗星表面，形成一个具有一定距离的环形轨道。探测器的两部分将共同工作来研究彗星上的物质。这些物质可追溯到太阳系刚刚形成的年代。