分析第三方物流合同特征和法律关系的目的，在于分清物流活动中的各种法律关系，准确适用物流相关法律、法规来妥善处理各种物流活动争议和纠纷，从而推动现代物流业的顺利发展，保障物流当事人的合法权益。下面主要分析以下几个问题：
主要法律依据
从我国相关法律法规的现状来看，还没有一部专门、统一的物流法。现行有关物流服务活动的法律法规，从法律效力角度来看，主要可分为以下三类：一是法律。如《中华人民共和国合同法》、商法等，这类规范性文件的法律效力最高，往往是物流某一领域的基本法。二是行政法规。如《中华人民共和国海港管理暂行条例》、《中华人民共和国航道管理条例》等，这类规范性文件的法律效力仅次于法律，数量众多，在我国的物流立法中占有重要地位。三是由中央各部委颁布的规章。如《关于商品包装的暂行规定》、《铁路货物运输规程》等，这类规范性文件的法律效力次于法律、行政法规，带有强烈的部门色彩。除此之外，还有部分国际条约、国际惯例、地方性法规以及物流技术规范等形式。
从法律的内容上看，调整物流环节中物流经营活动的法律规范也比较复杂。首先，广泛适用于物流活动各环节的法律主要有《中华人民共和国民法通则》、《中华人民共和国合同法》等，其中，由于物流合同实质上是民商事合同，所以《中华人民共和国合同法》是调整整个物流活动最重要、最基本的法律；其次是适用于物流某一环节的法律规范，包括运输环节的法律规范、搬运配送环节的法律规范、包装环节的法律规范、仓储环节的法律规范、流通加工环节的法律规范等，如《中华人民共和国海商法》、《铁路货物运输管理规则》、《国内水路货物运输规则》、《港口货物作业规则》等；如果是涉外物流活动，还有国际公约和国际惯例来调整，如《国际铁路货物联运协定》、《统一国际航空运输的某些规则的公约》（华沙公约）等；除此之外，还有调整物流作业的技术规范。
法律适用具有特殊性
由于第三方物流活动涉及运输、仓储、包装、配送、搬运、流通加工和信息管理等各个方面，同时，第三方物流活动的参与者涉及不同行业与部门，如仓储经营者、包装服务商、各种运输方式下的承运人、装卸业者、承揽加工业者、配送商、信息服务供应商等，因此物流服务提供者经常处于多重法律关系中，这导致物流活动中法律的适用呈现出复杂性，所以，就物流活动整体而言，其法律适用具有内容的综合性、层次的多样性等特点。如以运输这一主要物流功能为例，它包含水路、公路、铁路、航空和管道等运输方式，而水路运输又分为国际海运、沿海运输和内河运输，相应地，这些不同领域的法律关系又有各自相应的法律调整。
合同法的具体适用
如前所述，第三方物流合同实质上是民商事合同，所以《中华人民共和国合同法》是调整整个物流活动最重要、最基本的法律，广泛适用于物流活动的各个环节和整个过程。在具体适用《中华人民共和国合同法》的过程中，应注意以下问题：
首先，在不同的物流合同法律关系下，《中华人民共和国合同法》总则和分则的适用问题。我国合同法第124条规定：“本法分则或者其他法律没有明文规定的合同，适用本法总则的规定，并可以参照本法分则或者其他法律最相类似的规定。”也就是说，如果《合同法》分则对某类有名合同作了具体的法律规定，则可以直接适用该规定；如果《合同法》分则对某些合同（即无名合同）没有作具体的法律规定，则适用总则的规定，并可以参照分则或者其他法律最相类似的规定。根据前文对第三方物流合同特征和法律关系的分析，第三方物流合同在适用《合同法》时的基本原则和方法是：
（1）完成物流合同所约定的内容
第三方物流经营者自己完成物流合同所约定的内容，如运输、仓储、对托运的货物进行流通加工等，则当事人双方形成相应的法律关系，如运输法律关系、仓储法律关系、加工法律关系等，这时，物流合同当事人之间的权利、义务关系就可以直接适用《合同法》分则的具体规定来调整。如《合同法》第十五章“承揽合同”、第十七章“运输合同”、第二十章“仓储合同”等。
（2）提供的是综合物流服务
第三方物流经营者提供的是综合物流服务，在这种合同中，第三方物流企业提供的是一揽子服务，既可能为物流需求者设计并管理物流系统，也可能提供具体的物流作业服务。在这种情况下，很难为这种物流合同在《合同法》分则中找到对应的有名合同，在签订合同、解决纠纷时如单纯依据《合同法》规定的有名合同来解决，可能会感到茫然而无所适从。这种综合的物流服务合同，其法律性质应该是具有混合合同特征的无名合同，可以在适用《合同法》总则规定的基础上，以物流系统的设计部分适用技术合同和技术开发合同的规定，而对提供的具体物流作业服务部分则根据服务的具体内容分别适用货物运输合同、加工承揽合同、仓储合同、保管合同的规定。同时，该合同还具有委托合同的性质，因此，相关规范没有规定的部分，也可以参照有关委托合同的规定。
（3）通过某种方式将物流作业分包
如果第三方物流经营者通过某种方式将物流作业分包给他人或者仅仅提供媒介信息服务，则如前文所述，第三方物流经营者可能处于代理人、居间人或行纪人的法律地位，其法律的调整则适用《中华人民共和国合同法》第二十三章“居间合同”、第二十二章“行纪合同”以及《中华人民共和国民法通则》关于代理与《中华人民共和国合同法》关于委托合同的规定。
其次，《合同法》与其他法律的适用关系问题。在物流服务合同法律关系下，《合同法》与其他法律是一般法与特别法的关系。按照特别法优于一般法的原则，当特别法与一般法规定相冲突时，适用特别法，当特别法没有规定时适用一般法。《中华人民共和国合同法》第123条规定：“其他法律对合同另有规定的，依照其规定。”所以当其他法律对第三方物流合同有特别规定的，适用该特别规定。比如我国《航空法》中对国际航空货物运输的部分事项作了特别的规定，《海商法》则专门调整海上货物运输合同，物流企业在办理相关运输业务时要遵守这些特殊规定。
