虽然标准模型对实验结果的解释很成功，但它也有很大的缺陷。首先，模型中包含了许多参数，如各粒子的质量和各相互作用强度。这些数字不能只从计算中得出，而必须由实验决定。弱电对称破缺还没有满意的解释。再次，理论中存在所谓的自然性问题。最后，这理论未能描述引力。

首个与标准模型不相符的实验结果在1998年出现：日本超级神冈中微子探测器发表有关中微子振荡的结果，显示中微子拥有非零质量。标准模型的简单修正（引入非零质量的中微子）可以解释这个实验结果。这个新的模型仍叫做标准模型。

大统一理论是标准模型的一个扩展。它假设SU(3)、SU(2)及U(1)群其实是一个更大的对称群的成员。只有在高能状态（比现时实验能达到的能量还要高）这个对称性才能保存；在低能状态，它自发破缺到SU(3)×SU(2)×U(1)。第一个大统一理论（SU(5)大统一）是由Georgi及Glashow于1974年提出的。其它流行的还有SO(10)和E(6)大统一模型。

解决自然性问题的主要方案包括艺彩理论（technicolor theory），超对称模型，额外维度等等。超弦模型则是描写包括引力在内所有基本现象的终级理论的最主要代表。

许多标准模型的扩展都预言了质子衰变。这一现象没有为实验所证实。