关于肿足蕨的分类处理和系统位置存在较大争议。由于其孢子体的形态特征兼有蹄盖蕨类（主要是中柱类型）和金星蕨类的特征（毛被类型），同时又与鳞毛蕨类植物的一些特征较为相似（叶型和染色体数），在分类上曾分别被归入蹄盖蕨科（Athyriaceae）、金星蕨科（Thelypteridaceae）或鳞毛蕨科（Dryopteridaceae）。1975年秦仁昌将其独立成科，即肿足蕨科（Hypodematiaceae）。后来基于分子证据和形态学特征对肿足蕨属的系统位置提出了一些不同的观点。Smith等在新的世界蕨类分类系统中，建议将肿足蕨属连同与之近缘的大膜盖蕨属（Leucostegia Presl）暂时置于鳞毛蕨科，同时还指出两者系统位置有待进一步商榷。Liu等依据两个叶绿体基因的分析结果支持Didymochlaena Desvaux、肿足蕨属和大膜盖蕨属近缘，但认为它们与鳞毛蕨科的关系较远，应该从鳞毛蕨科分出作为独立的阶元。