虽然有关金属腐蚀的微生物种类很多，但是其中比较重要的是直接参与自然界硫、铁和氮循环的微生物。参与硫循环的有硫氧化细菌和硫酸盐还原菌；参与铁循环的有铁氧化细菌和铁细菌；参与氮循环的主要有硝化细菌和反硝化细菌等。这些细菌按其生长发育中对氧的要求，又可分为好氧腐蚀菌和厌氧腐蚀菌两类。

铁细菌

该类菌形态多样（有杆状、球状、丝状等），分布广泛，在富含铁的水中尤为普遍。铁细菌能把水中溶解的亚铁氧化成高铁形式，沉积于菌体鞘内或菌体周围，并从中取得能量同化CO2进行自养生活。铁细菌常在水管内壁附着生长，形成结瘤，所以它们不仅能造成机械堵塞，而且还能形成氧差电池腐蚀管道，并出现“红水”恶化水质。铁细菌常见的种类有纤发菌属（Leptothrix）和铁细菌属（Crenothrix）中的一些类群。

硫氧化菌

这类菌能氧化元素硫、硫代硫酸盐和亚硫酸盐等，产生代谢产物硫酸。硫氧化菌在酸性土壤及含黄铁矿的矿区中，能使土壤或矿水变酸导致腐蚀。如美国俄亥俄地区1922年这种酸矿水排出量就相当于300万t硫酸，对河上钢铁建筑、水闸、桥墩、水坝、排污管、自来水管等造成了严重腐蚀。这类菌常见的有硫杆菌属（Thiobacillus）中的排硫硫杆菌（T．thloparus）、氧化亚铁硫杆菌（T．ferrooxidans）、氧化硫硫杆菌（T．thiooxidans）。

硫酸盐还原菌

这类菌是引起金属腐蚀的主要微生物。硫酸盐还原菌属厌氧菌，能还原硫酸盐为硫化物，它们利用有机物为给氢体，在还原硫酸盐的过程中获得能量。该类菌最常见的是脱硫弧菌(Desulfovibrio desulfurcans）。

硝化细菌和反硝化细菌

硝化细菌，如亚硝化单胞菌属（Nitrosomonas）和硝化杆菌属（Nitrobacter）等能把氨氧化成亚硝酸，再进一步氧化成硝酸，同时获取能量供自身生活。反硝化细菌，如脱氨假单胞菌（Pseudomonas denitrificans）、施氏假单胞菌（Pseudomonasstutzeri）、紫色色杆菌（Cpromobacterium vio-laceum）等，在通气不良的环境中，能把硝酸还原成亚硝酸。因此这类菌能在环境中积累一定量的硝酸和亚硝酸，从而对金属造成腐蚀。

另外有人研究发现一种霉菌──树脂枝孢霉（Cladosporium resinae）能使铝合金在短期内腐蚀。