由于微生物腐蚀涉及的金属构件种类多，所处的环境及腐蚀的菌类又不尽相同，因此在防护工作中，必须根据具体情况采取一种或几种措施配合使用。归纳起来防止微生物对金属腐蚀的措施主要有以下几种：

限制营养源

因为细菌生长需要营养，所以限制金属构件周围的微生物生长的营养物是降低腐蚀危害的一个重要方法。例如尽量控制环境中有机物、铵盐、磷、铁、亚铁、硫及硫酸盐等就会大大降低微生物的增长。

控制微生物生长的环境条件

微生物生长繁殖都需要一个适宜的环境条件，所以适当地改变环境条件也是减少微生物金属腐蚀的一个重要措施。例如提高pH值到9以上,温度50℃以上就会强烈抑制菌类生长。再如在湿润粘土地带加强排水，回填砂砾于埋管线周围，以改善通气条件，即可减少硫酸还原菌产生的厌氧腐蚀。

采用化学杀菌剂和抑菌剂

主要是将杀菌剂和抑菌剂用于密闭或半密闭的系统中或掺合于涂料和护层中。杀菌剂要求高效、低毒、广谱、价廉、原料来源方便等。采用这种方法应注意把杀菌剂、防腐剂、去垢剂三者结合起来使用。

物理、生物控制方法

物理法主要是采用紫外线、超声波等物理手段来杀灭腐蚀微生物的方法；生物法主要是采用生物防治和遗传工程改变危害菌的附着力来达到控制目的的方法。例如日本研制开发的利用能吞食海水中腐蚀微生物的噬菌体清除金属管件表面的有害微生物，以达防止微生物腐蚀的方法，效果就较好，而且该法利用的是病毒，它们能有选择地杀死附着微生物，而不会象其它方法那样影响其他生物。

另外在金属材料外加防护层等，也可控制微生物对金属的腐蚀。 2100433B