根据上述主要职责，市住房保障和房产管理局内设9个职能科室：
（一）办公室
综合协调局系统政务工作；负责局机关行政事务工作；负责草拟综合性报告、文件和机关各项工作制度；负责局机关文秘、收发、档案、保密、信息、后勤事务等工作；负责信访投诉的接待；负责人大代表建议、政协提案的办理；负责局系统政务公开、行风建设及规章制度执行情况的督查；负责局机关及所属单位的人事、劳动工资管理；制订职工教育培训计划，并组织实施；负责局机关和所属单位党群工作的日常事务。
（二）计财科
负责编制局年度财务预算；负责编制财务年报和经济、财务的综合性统计工作；负责局资金综合调度；负责行政事业性收费、审核工作；负责住房资金的核算、管理工作；做好局本级资产管理工作。
（三）产权与交易管理科
承办各类房产产权转移的立契过户、各类房产权属的登记与发证、日常房产权属监理及相关工作；负责审理预售进场登记、预售合同登记备案、预售情况公示；负责房地产评估、经纪、咨询、测绘等市场服务体系的建设和管理；负责对存量房地产和在建工程的抵押登记工作；负责贯彻落实有关房屋测绘的技术标准和规定；负责全市地号统一编制；负责对房地产测绘成果的管理；贯彻执行国家、省有关房屋租赁的法律、法规；指导、监督全市房屋租赁工作。
（四）物业市场管理科
负责商品房预售证审核工作；负责对全市物业行业监管并协助制定物业行业政策与法规；负责房产开发企业商品房预售物业管理方案审核及竣工物业管理单项验收审核工作。
（五）资产管理科
负责直管公房的维修、养护、拆建改造工作；负责直管房的清退、租金收缴及日常管理工作；负责非住宅直管公房的经营管理工作。
（六）房产档案管理科
负责房产信息网络的建设、开发、维护；收集、分析和处理各类房产信息；为政府有关部门和社会提供房产信息服务；负责对房产档案的管理和查阅利用工作。
（七）白蚁防治管理科
负责新建房屋白蚁预防和旧房白蚁灭治工作；负责装修房屋的白蚁预防及灭治工作；负责白蚁防治技术档案的管理工作；负责对白蚁生活习性防治药物的研究；负责对全市各白蚁防治部门进行业务指导。
（八）住房保障科
贯彻执行国家、省、市有关住房保障的相关政策，负责保障性住房政策研究，负责制定保障性住房发展和建设计划，负责办理保障性住房申请家庭的资格审查、保障性住房分配工作和资格验审；贯彻执行国家、省、市住房制度改革的政策、法规，研究提出我市住房制度改革的相关政策并组织实施；负责办理市属及部、省属在舟单位住房补贴审核工作；会同有关部门做好市本级年度住房补贴资金的预算、审核、发放工作；负责办理原有公有住房出售审批工作；负责住宅直管公房的安置、拆迁调配、变更专户等管理工作。
（九）综合协调科
负责对国家、省、市关于房产管理的法律法规、方针政策贯彻执行的督促、检查；
负责局有关规范性文件的审查、报送；
负责房产执法检查与监督；
负责局行政复议和房产纠纷的调节处理，并负责组织好局诉讼案件的应诉工作；
负责局内部法制建设及法制宣传教育工作；
负责局经济合同制订及履行的监督管理工作；
