1、办公室 （宣教中心）

协助局领导处理机关日常政务工作，管理和协调局机关办公事务及人事、文秘、信息、档案、财务、保密、保卫工作；拟订局机关年度工作计划和工作总结、工作制度；负责局综合性文件的起草和大型会议的会务安排；负责办理市人大、政协提案、议案和意见，负责来信来访接待工作；负责局退休干部的管理服务工作。组织、协调各类环境保护宣传教育工作，负责对中小学校学生环境教育的指导、总结和推广工作，推动公众和非政府组织参与环境保护工作。

2、环境管理处

负责参与制定本市与环境保护相关的经济、技术、资源配置政策措施，组织对市内重大经济政策的环境影响评估；监督实施环境保护国家标准，负责拟定本市环境保护规划和计划，并监督实施；监督管理海洋、大气、水体、土壤、矿山、固体废物、有毒化学品、噪声、振动及机动车等的污染防治工作；组织实施本市排污申报登记及排污许可证、建设项目的环境影响评价等环境管理制度；

审查固体废物进口申请书及环境风险评价报告书；审批市权限内开发建设项目、技术改造项目和区域开发项目的环境影响评价报告书（表），并监督环保"三同时"实施，协调城市环境综合整治；组织协调全市实施环境保护目标责任制；负责编报全市环境统计年报、环境质量报告书；协同有关部门开展农业环境保护工作，组织生态环境保护和自然保护区、风景旅游区的调研，编制规划，并监督实施；协助管理辐射环境、放射性废物；协调查处环境污染纠纷、事故和生态破坏事件；指导企事业单位污染治理，监督检查污染治理设施运行处理情况。

3、生态处

负责管理全市及重点区域的生态环境保护，监督实施重点区域环境生态功能区划；监督管理自然环境保护，监督自然资源开发活动中生态环境保护;监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、旅游度假区、饮用水源保护区、森林公园环境保护，提出新建的各类省级自然保护区审核意见；负责农村生态环境保护；指导生态示范区建设；监督检查生物多样性、野生动植物、湿地环境的保护；监督海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作；负责生态监理工作;承担舟山生态市建设领导小组办公室日常工作；承办局领导交办的其它工作。

4、法规处

贯彻执行国家环境保护的方针、政策、法律、法规，组织起草本市环保规范性文件，并监督实施；组织开展环境保护行政执法检查，推行行政执法责任制；负责市本级环境法律、法规及环保知识宣传教育；负责环境信息工作，指导全市环境信息网络建设；负责审查行政处罚案件，承办行政诉讼及行政复议事宜；审查排污收费及减免金额事项；协助开展国内外的有关环保技术合作、学术交流活动。