公司成立于2005年1月31日，名称为吴江市绿乐生态园有限公司，2005年10月31日更名为吴江市绿乐生态科技园旅游发展有限公司，2009年3月2日更名为苏州神元生物科技有限公司，2013年1月16日公司完成整体改制变更为股份有限公司，并更名为苏州神元生物科技股份有限公司。

经过七年的科技研发和技术攻关，苏州神元生物科技有限公司在铁皮石斛的栽培领域获得了8项自主知识产权，建立了最完整的产业链：研发、组培、栽培、加工、销售一条龙，创造了最高的生产能力：年产1000万株组培苗；创新了最新的高效设施栽培技术模式：对流风机双棚地栽模式；取得了最严的认证：铁皮石斛生产基地“GAP”认证和产品“有机”认证；获得了最好的奖项：中国国际林业产业博览会金奖；开发了最多的产品品类：铁皮石斛、铁皮枫斗、保健产品等三大类8小类。

2012年8月底，经苏州市科技局批准，苏州神元生物科技有限公司成立苏州市铁皮石斛研究院。铁皮石斛研究院是我国第一家专以铁皮石斛科技开发为使命的研究院，此番苏州市铁皮石斛研究院的正式落户，对现代全省高效农业的转型升级具有“引领”意义。

2013年3月13日，苏州神元生物科技股份有限公司在天津股权交易所成功挂牌上市，成为江苏省首家农业挂牌企业。