按传统，祖宗圣灵的神龛要设在二楼的中柱脚。苗族人民认为在吊脚楼里有祖先的圣灵日夜庇荫，阖家方能兴旺发达，人人皆可健康平安。楼的板壁用刨光的杉木板封装。每间的窗棂子用木条拼成形状不同的图案。各间的房门均为独扇，惟有堂屋大门为两扇。富裕人家还在大门上刻有龙凤浮雕。大门上方，两头安装有两个门当木雕，门当的另一头成牛角，俗称“打门锤”。

大多数吊脚楼在二楼地基外架上悬空的走廊，作为进大门的通道。堂屋外的悬空走廊，安装有独特的s形曲栏靠椅，苗语叫“嘎息”(ghab xil),民间有一美称叫“美人靠”，这是因为姑娘们常在此挑花刺绣，向外展示风姿而得名。其实“嘎息”还用作一家人劳累过后休闲小憩、纳凉观景、讲述传承苗族神话和迁徙历史，以及演唱《苗族古歌》、“嘎百福歌”的多功能凉台。

吊脚楼一般以三间四立帖或三间两偏厦为基础，一般分为三层，底层都用作家畜和家禽的栏圈，以及用来搁置农具杂物等东西。中层住人，正中间为堂屋，堂屋两侧的立帖要加柱，楼板加厚；因为这是家庭的主要活动空间，也是宴会宾客笙歌舞蹈的场所。有少数人家在正对大门的板壁上安放有祖宗圣灵的神龛。神圣的家庭祭祖活动就在堂屋进行，一般情况下，左右侧房作为卧室和客房。三楼多用半存放粮食和种子，是一家人的仓库；如果人口多，也装隔出住人的卧室。厨房安置在偏厦里。建筑的空间分割组合，以祖宗圣灵神龛所在的房间为核心，再向外延伸辐射。家庭成员在这样的空间组合下生活，无形中便被祖宗圣灵所在的堂屋的空间引力所凝聚，从而为家庭的团结增强了亲和力。祖先崇拜的苗族传统宗教，在吊脚楼的民居建筑上被充分的体现出来了。