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荒漠土壤中有一定量的有机质和腐殖质，说明土壤中存在着微生物。亚洲中部腾格里沙漠圆头沙蒿、细枝岩黄芪和中亚卡拉库姆沙漠梭梭柴群落下的沙土中均发现有细菌、放线菌和真菌；仅卡拉库姆沙漠就发现有55种之多。两地沙土中微生物均以无芽孢杆菌为主，卡拉库姆以假单胞菌占优势。两地真菌均以青霉菌为主。腾格里沙漠中发现的微生物中固氮菌占39～54%，氨化菌占48～60%，硝化菌和纤维素分解菌为数甚少。这说明保氮菌比例很大。土壤微生物的数量达到每克土中1～1.1百万个（腾格里沙漠）和3～8百万个（卡拉库姆沙漠）。
