荒漠生态系统中有机质循环过程还缺乏定量研究，但是根据前述资料可以看出这一循环过程的特点。绿色植物是荒漠生态系统中的生产者。昆虫、植食动物、植病微生物都直接消耗着植物。昆虫和植食动物是初级消费者。食虫动物，特别是鸟类、爬行动物中的蜥蜴类和少量食虫哺乳动物则以昆虫为食物，这些是主要的次级消费者。荒漠中肉食动物数量不多，大部分荒漠中缺少大型肉食动物。人类通过采薪可以直接取走荒漠植物。人类发展荒漠畜牧业和狩猎业则从荒漠中取走消费者。植物每年的枯枝落叶、枯死的根和枯倒的植株均会留在土壤表面和土壤中，经微生物分解，部分变成土壤微生物身体，部分变成土壤腐殖质，再被微生物分解而成矿物养分，又可供植物利用。昆虫、爬行类、鸟类、哺乳动物以及微生物本身的排泄物和尸体均可以再经微生物分解而成半腐解有机物、腐殖质以至成为矿物养料，再供植物吸收利用。荒漠中高温期太阳烤晒会使许多地面枯死的植物体损失水分，使有机成分成为碳状物，这是自然碳化过程。这一过程使有机物损失，留下矿化残体，经风吹扬，但最后又回到土壤中。2100433B