荣昌县环境保护局设6个内设机构：

（一）办公室

负责局综合性文件的起草工作，负责机关年度工作计划、总结，检查工作计划执行情况；负责机关文秘、档案、机要、保密、信息处理工作；负责机关电子政务管理工作；组织开展政务公开工作；负责局党组会、局长办公会、行政办公会及全务会的组织工作，并对上述会议决议事项的落实情况进行督查；办理局机关重要事项及上级交办事项的督查、督办工作；承担局机关的组织、人事管理工作;负责单位技术人员职称评定工作；负责机关财务管理和国有资产管理工作，负责管理机关职工生活福利，负责机关和事业单位的工资管理工作，负责全局接待工作，会议组织工作；按干部管理权限，办理请假、休假、政审及辞职、退休和呈报审批等手续；负责系统及机关精神文明建设工作，负责机关党务、纪检、检查和计划生育工作；负责环保系统史志编纂工作，编写环保工作动态，完成环境年鉴撰稿工作。

（二）环境污染防治科

贯彻执行国家和本县有关污染物总量控制的法律、法规、政策和标准；组织实施大气、水体、噪声、固体废物、电磁辐射、核辐射、有毒化学平以及机动车尾气的污染防治工作；负责管理有毒化学品和有害废物转移工作；负责全县污染源调查及防治；监督污染治理项目并组织验收；组织编制全县环境保护规划、环境功能区划，重点区域、行业的污染防治规划及饮用水源地保护规划；负责组织和实施全县城市、区域流域、水库环境保护重点工程建设；并负责组织和实施重点污染治理项目及污染治理示范工程项目建设；负责全县重点工业污染源的监督管理；指导城乡环境综合整治，乡镇企业污染监督管理和防治工作；组织开展强制性清洁生产审核和管理工作，协调相关部门推行清洁生产；对各种开发活动中的污染防治实行统一监督管理；负责辖区内环境功能区达标管理工作；组织开展烟尘控制区、噪声达标区、基本无煤区、安静小区等创建工作。

（三）建设项目环境管理科

贯彻执行国家和市有关建设项目环境保护“同时设计、同时施工、同时投产使用”（以下简称“三同时”）制度和环境影响评价制度的法律、法规和规章；负责建设项目环境影响评价，环境报告书、报告表、登记表的审批和“三同时”的监督管理；负责审批项目的环境保护设施、施工期间环境监理、试生产（预验收）及竣工环保验收审批；对建设项目执行环境保护“三同时”制度的情况实施现场检查，协调环境监察大队查处涉嫌违反建设项目环境保护“三同时”和环境影响评价管理规定的案件；组织开展本县建设项目环境保护“三同时”管理方面的调查统计和资料汇总工作；负责环保审批的建设项目环境影响评价文件实施初步审查；负责组织实施“区域限批”制度。

（四）污染物总量减排科

贯彻执行国家和重庆市有关污染物总量控制的法律、法规、政策和标准；负责拟定和组织实施全县主要污染物总量减排五年计划（项目）和年度减排计划（项目），编制、审查全县污染物总量五年规划及年度核算报告；负责全县污染减排重点项目的调度及监管工作，负责污染减排档案、台帐的综合管理及污染减排管理措施的落实工作；组织实施废水、废气、噪声等的排污申报登记、排污许可证的发放等工作；对污染企业的关、停、并、转、迁提出建议意见；负责环境统计工作，提供和核定重要文件、负责燃煤电厂脱硫投运率核定工作，负责污水处理厂水质核定工作；参与建设项目的总量核定及与污染减排有关的建设项目环境管理工作；负责提供全县减排重点企业的环境监察、环境监测、限期治理及建设项目名单，参与污染减排项目的审查、验收等环境管理工作；负责污染源普查工作和数据更新；参与全县新型工业化、县域经济考核指标及环境统计数据会审工作；承办县政府减排办公室的日常工作。

（五）自然生态保护科

负责组织我县创建全国生态县的创建工作，并组织实施；制定县级生态县管理规章、标准；指导矿区生态破坏的恢复治理，监督重大生态破坏工程的限期治理；组织编制重大生态破坏恢复治理规划和技术规范，并监督执行；负责建设项目中有关生态内容的环境影响评价文件的审批工作；组织编制重点区域、流域面源污染控制规划，并监督实施；监督、指导小城镇建设的环境保护工作；指导小城镇的环境规划工作；监督、指导秸秆禁烧和综合利用工作；监督、指导畜禽养殖的污染防治工作；负责农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作、农村面源污染防治工作、畜禽和水产养殖污染防治工作；参与生态农业建设的有关工作；负责农药、化肥、农膜使用的环境安全监督管理工作；监督实施农村环保项目和自然生态环保项目并组织验收；参与林业、农业、畜牧业、城镇建设、土地利用等可能对生态环境造成影响和破坏的规划和建设项目的环境管理；参与重大生态环境污染和破坏事件的调查处理；协调统筹城乡环境保护工作；配合相关部门做好全县各种创建工作。

（六）环境综合管理科

组织开展全县环境综合整治工作；拟定荣昌县环境保护工作重点；建立和完善本县环境质量的长效机制；组织对重点污染源的日常巡查，承办县委常委会和政府常务会有关环境保护的讨论议题；承办荣昌县环委会办公室的日常工作，督办县环委会决定事项，协调处理有关问题；负责拟订全县环保工作年度目标任务、年度目标考核管理办法及实施方案；负责重庆市委、市政府对我县党政一把手环保实绩考核工作；负责县对各镇（街）和部门的党政一把手环保实绩考核工作；对上级机关和领导有关环境保护决策、部署及批示的贯彻落实情况进行督查；负责对落实和解决环境突出问题的情况进行督查；负责“四大行动”办公室工作，组织拟订全县“四大行动”工作计划，分解工作目标任务，建立联动机制；检查、督办、考核“四大行动”工作进展和各项措施落实情况；协调“四大行动”实施过程中出现的突出问题，并就有关问题提出建议意见；负责宣传环境保护法律、法规和方针政策，编制环境保护教材，普及中小学生的环境科学知识，提高公民环境保护意识等职能，开展环保新闻采访及报道工作；负责绿色创建工作。