低温胁迫严重影响菊花的周年生产供应和在寒冷地区的推广应用，已成为菊花产业中亟待解决的重要问题。明确菊花耐寒性的遗传基础，培育耐寒菊花新品种是解决该问题的关键。本研究调查了菊花F1群体和品种群体在不同生长时期的耐寒性（LT50）的遗传变异，并通过连锁作图和关联分析解析菊花耐寒性QTL的动态表达机制。结果表明，菊花F1群体舌状花和不同时期叶片耐寒性的变异系数为22.17%~46.14%，杂种优势和超亲分离现象普遍存在。混合遗传分析结果表明苗期和盛花期叶片的耐寒性由2对表现为加性-显性-上位性效应的主基因控制，主基因遗传率分别为88.56%和65.86%。QTL定位在各时期共检测到21个QTL与叶片耐寒性显著相关，单个QTL的贡献率为6.47%~68.89%。基于混合线性模型的关联分析和SSR、SRAP分子标记数据，在各生长时期检测许多等位变异位点（P < 0.01）与叶片耐寒性显著相关，但是未发现标记位点同时与两年各生长时期的叶片耐寒性显著相关；另外，在2016和2017年度分别检测到10个和58个显著等位变异，两年间相同的位点有3个；结合LT50表型数据和优异等位变异，筛选出优异耐寒品种资源。基于高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析，共挖掘出24个与脚芽期、现蕾期、盛花期叶片耐寒性和盛花期舌状花耐寒性相关的SNP位点（P < 0.001），其中5个SNP位点的表型效应值小于– 4 ℃，为优异等位变异位点；通过显著性SNP位点所在的SLAF标签序列与菊花转录组数据库进行比对分析，筛选到5个候选基因，其中CL2042.Contig4_All 和Unigene40993_All可能与冷胁迫有一定关联。研究结果将揭示菊花耐寒性遗传机制及耐寒性QTL的动态表达特性，对菊花耐寒性的遗传改良具有重要理论和实践指导意义。另外，发表项目相关SCI论文5篇、核心期刊论文8篇；培养博士生1人、硕士生3人。 2100433B