藻井是敦煌图案中的精华，由于它高踞石窟顶部，受风沙及恶劣自然环境的损坏较少，同时也免除了许多人为的损坏，故保存的很完好。敦煌的藻井多达四百余顶，绘制十分精致。
按其方井结构和中心纹样可分为五类：
①方井套叠藻井：是北朝平棋图案的遗风，只得保留了方井套叠框架的结构，井内纹样却有多样变化。
②盘茎莲花藻井：是隋代独有的一种藻井，特征为井内是一八瓣大莲花，莲花周围盘绕变形茎蔓忍冬纹，纹样倾向自然形态。井外有圆形连珠纹、忍冬纹、白珠纹三道边饰，长、大精美的三角纹垂幔。 隋代藻井作品没有程式，形象新颖，千边万化，各逞其思，各有其妙。
③飞天莲花藻井：井心较宽大，大莲花周围画若干飞天绕莲花飞翔，此类藻井装饰已超越了窟室的空间，让人有一种举首高望空旷辽阔的感觉。
④双龙莲花藻井：井心莲花两侧画作二龙戏珠状，藻井四周画十六飞天撒花奏乐，内外呼应，有强烈的动感。
⑤大莲花藻井：井内只画一朵大莲花，或四角偶配一角花，井外边饰层次较多，简练清新。中国传统建筑中室内顶棚的独特装饰部分。一般做成向上隆起的井状，有方形、多边形或圆形凹面，周围饰以各种花纹、雕刻和彩绘。多用在宫殿、寺庙中的宝座、佛坛上方最重要部位。
现存最早的木构藻井，是蓟县独乐寺观音阁上的藻井，建于984年，为方形抹去四角，上加斗八（八根角梁组成的八棱锥顶）。北京故宫太和殿上的蟠龙藻井，是在八角井上设一圆井，当中为一突雕蟠龙，垂首衔珠，称为龙井，是清代建筑中最华贵的藻井。
