行政合同与民事合同的不同，集中反映在行政合同的履行上。“行政主体的特权和对方当事人的经济利益平衡，可以说是行政合同在履行时两个主要的特征。”

(一)双方权利(权力)不对等

在行政主体和行政相对人签订的行政合同中，双方权利(权力)不对等主要指行政主体在行政合同中享有特权。行政合同是现代社会中行政主体执行公务的一种方式，它肩负着公共利益的实现。行政主体既是行政合同的组织实施者，也是公共利益的最终评判者，因此有必要让行政主体提前介入行政合同，并且贯穿行政合同履行的全过程。行政主体的特权主要包括对合同执行的监督指挥权、单方变更权、单方解除权和制裁权。

(二)经济利益平衡原则

行政合同中的行政相对人除享有与其他民事合同共有的权利、履行共有的义务之外，为了公共利益的实现承担了诸多特有的义务，为此行政相对人也拥有民事合同中当事人所没有的一些权利。

在行政合同的履行过程中，由于既不可归责于行政相对人也不可归责于行政主体的原因而导致行政相对人利益受损时，行政相对人仍然可以从行政主体那里得到补偿，以恢复两者之间的经济平衡。这是因为：一方面，公共利益的实现不能牺牲行政相对人的利益；另一方面，保证行政相对人的利益，有利于行政相对人更积极的履行行政合同，最终有利于公共利益的顺利实现。