2001年9月24日，国务院办公厅下发《关于成立国务院行政审批制度改革工作领导小组的通知》（国办发〔2001〕71号），成立国务院行政审批制度改革工作领导小组，积极、稳妥地推进行政审批制度改革，改革工作全面启动。
2001年10月9日，中华人民共和国监察部、中华人民共和国国务院法制办公室、中华人民共和国国家经济体制改革委员会、中央机构编制委员会办公室提交《关于行政审批制度改革工作的实施意见》。
2001年10月18日，国务院下发《国务院批转关于行政审批制度改革工作实施意见的通知》【国发〔2001〕33号】。
2002年4月，国务院行政审批制度改革工作领导小组办公室下发了《关于对建立与社会主义市场经济体制相适应的审批制度进行课题研究的实施方案》，确定了15个大中城市率先开展行政审批制度改革课题研究，此后又组织了国务院各部门开展这项工作。各地区、各部门领导高度重视，承担课题研究的15个大中城市和一些国务院部门专门成立了课题研究小组，认真组织开展研究，结合实际，突出重点，增强针对性和有效性。一些地方和部门还聘请专家学者参与研究，多方协作，集思广益，提高研究质量。
2002年5月，中国经济体制改革研究会、中国社会科学院公共政策研究中心与焦作市委、市政府在焦作市联合举办了全国首次行政审批制度研讨会。围绕如何促进政府职能转变，深化行政审批制度改革，加快行政服务中心建设展开讨论，来自全国13个省、市、自治区的有关负责人参加研讨会。
2002年6月6日～7日，由中国行政管理学会、天津市行政管理学会联合主办的“中国加入WTO与行政审批制度改革”研讨会在天津市隆重召开。 2012年2月24日，由中国社会科学院法学研究所主办、海南省人民政府政务服务中心承办的“法治政府建设与行政审批制度改革研讨会”在海南顺利召开，国内14名专家教授汇集海口以海南省行政审批制度改革经验为范本，探讨推动法治政府、服务型政府建设以及行政管理体制改革的理论研究。
2002年6月25日，在北京召开国务院行政审批制度改革工作会议。
2002年11月，取消789项行政审批项目（第一批）。
2003年2月，取消406项行政审批项目，改变82项行政审批项目的管理方式（第二批）。
2003年9月18日，国务院行政审批制度改革工作领导小组办公室下发《关于进一步推进省级政府行政审批制度改革的意见》。
2003年9月19日，国务院办公厅转发国务院行政审批制度改革工作领导小组办公室关于进一步推进省级政府行政审批制度改革意见的通知。
2004年5月19日，取消和调整495项行政审批项目，其中取消409项；改变管理方式39项；下放47项。在取消和调整的行政审批项目中有25项属于涉密事项，按规定另行通知。（第三批）
2007年10月9日，取消和调整186项行政审批项目。其中取消128项；下放29项；改变管理方式8项；合并21项。另有7项拟取消或者调整的行政审批项目是由有关法律设立的，国务院将依照法定程序提请全国人大常委会审议修订相关法律规定。（第四批）
2008年8月5日，行政审批制度改革工作部际联席会议在北京召开第一次全体会议。会议审议通过了《行政审批制度改革工作部际联席会议工作规则》、《关于深入推进行政审批制度改革工作的意见》和《全国行政审批制度改革工作电视电话会议方案》三个文件，明确了当前及今后一个时期行政审批制度改革的工作思路和主要任务。马馼主持会议并讲话。
2008年，中华人民共和国监察部、中央机构编制委员会办公室、中华人民共和国国家发展和改革委员会、中华人民共和国工业和信息化部、中华人民共和国民政部、中华人民共和国财政部、中华人民共和国农业部、中华人民共和国商务部、人民银行、中华人民共和国国家工商行政管理总局、中华人民共和国国家质量监督检验检疫总局、国务院法制办公室提交《关于深入推进行政审批制度改革的意见》。2008年10月17日，国务院办公厅转发监察部等部门《关于深入推进行政审批制度改革意见的通知》（国办发〔2008〕115号）。
2009年5月19日，行政审批制度改革工作部际联席会议在北京召开第二次会议，强调要认真贯彻落实第十七届中央纪委第三次全会和国务院第二次廉政工作会议精神，充分认识行政审批制度改革工作的长期性、复杂性、艰巨性，以更加积极的态度和更加有力的措施，深入推进行政审批制度改革，下力气再减少一批行政审批事项，切实加强对行政审批权力运行的监控，推动服务政府、责任政府、法治政府和廉洁政府建设，促进经济社会又好又快发展。
2009年7月16日，行政审批制度改革工作部际联席会议在京召开第三次会议。马馼主持会议并讲话。她强调，要全面落实党中央、国务院关于行政审批制度改革工作的部署和要求，把对行政许可事项的审核作为当前工作的重中之重，严格把好合法关、合理关、监督关，确保再取消和调整一批行政审批事项目标的实现，推动政府职能转变，促进经济社会又好又快发展。
2009年12月25日，行政审批制度改革工作部际联席会议在北京召开第四次会议，重点审议国务院部门拟取消和下放的行政审批事项。会议认为，联席会议办公室依据行政许可法等有关法律法规和各部门的职责，按照行政审批制度改革的原则，组织各地区各部门和管理相对人、有关专家对国务院部门行政审批事项进行了审核论证，与各有关部门作了充分沟通协商并达成了一致意见，提出的拟取消和下放的行政审批事项，既积极又稳妥，同意进一步论证后报请国务院审定。
2010年7月4日，取消和下放行政审批项目184项。其中取消113项，下放71项。（第五批）
2010年9月25日，行政审批制度改革工作部际联席会议在北京召开第五次会议，总结前一阶段工作，研究安排下一步工作。会议强调，要认真抓好国务院关于第五批取消和下放管理层级行政审批项目决定的贯彻落实，继续深入推进行政审批制度改革 。
2011年11月14日，在北京召开国务院深入推进行政审批制度改革工作电视电话会议，会议总结行政审批制度改革工作，研究部署下一阶段行政审批工作，进一步推进政府职能转变和管理创新。中共中央政治局常委、国务院总理温家宝在会上作重要讲话。
2012年4月25日，行政审批制度改革工作部际联席会议召开第六次会议，听取了国务院部门第六轮行政审批项目集中清理工作情况汇报，审议了建议取消调整的行政审批项目，研究了下一步工作。马馼主持会议并讲话。
（第六批）2012年8月22日，取消和调整314项部门行政审批项目，其中取消184项；下放117项；合并13项。重点对投资领域、社会事业和非行政许可审批项目，特别是涉及实体经济、小微企业发展、民间投资等方面的审批项目进行了清理。
2012年8月，国务院已分六批共取消和调整了2497项行政审批项目，占原有总数的69.3%。
2012年8月23日，国务院批准广东省“十二五”时期在行政审批制度改革方面先行先试，对行政法规、国务院及部门文件设定的部分行政审批项目在本行政区域内停止实施或进行调整。
2013年5月15日，取消和下放117项行政审批项目等事项。其中，取消行政审批项目71项，下放管理层级行政审批项目20项，取消评比达标表彰项目10项，取消行政事业性收费项目3项；取消或下放管理层级的机关内部事项和涉密事项13项。
2013年6月，国务院明确行政审批制度改革工作牵头单位由监察部调整为中央编办，国务院审改办设在中央编办。
2013年8月14日，四川省人民政府办公厅首设行政审批制度改革处。
2017年12月15日，国务院新闻办公室发表的《中国人权法治化保障的新进展》白皮书，介绍了我国深入推进行政审批制度改革取得的进展。
根据白皮书介绍，党的十八大以来，国务院部门累计取消行政审批事项618项，彻底清除非行政许可审批，中央指定地方实施行政许可事项目录清单取消269项，国务院行政审批中介服务清单取消320项，国务院部门设置的职业资格许可和认定事项削减比例达70%以上，3次修订政府核准的投资项目目录，中央层面核准的投资项目数量累计减少90%。实施权力清单、责任清单制度，将政府职能、法律依据、职责权限等内容以权力清单的形式向社会公开，截至2016年，全国31个省级政府部门均已公布权力清单。
白皮书说，职权法定是依法行政的前提。国家加快推进行政机构、职能、权限、程序、责任法定化，禁止行政机关法外设定权力，把权力关进制度的笼子。
