负序电流的注入会造成系统变压器的三相电流不对称，因而使变压器三相电 流中的一相电流最大，使得变压器不能有效发挥其额定出力，就降低了变压器容量的利用率。另外，负序电流还会增大变压器的附加能量损失，同时使变压器的铁芯磁路产生附加发热。
负序功率实际上并不做功，当负序电流流过送电线路时，只会造成线路电能损失和增加损耗，使送电线路的输送能力下降。
负序电流作用时间较长时，容易使电力系统中以负序分量启动的继电保护装置误动作。电力机车是单相大功率整流负荷，在一定区段内会使电网三相失衡，在实际运行中，由于牵引负荷会引起负序电流超标，常常使牵引变电站附近的小发电机组频繁跳闸，从而不能就近并网。不同容量的发电机组，允许流过发电机的负序电流不同，最大不超过额定电流的8%。另外，变压器负序过流保护反映不对称故障，但由于牵引负荷的单相性，若负序电流较大，容易超过变压器负序过流保护中负序电流的整定值引起误动作。
负序电流使得发电机定子的三相电流将不再对称，当三相中某一相的电流达到额定值电流，而另外两相小于额定电流时，则会降低发电机的出力。当负序电流流过发电机的定子绕组时，它产生的磁场的旋转方向相对于同步速以两倍速切割转子绕组，在激磁绕组和阻尼绕组中产生两倍工频的附加电流，在转子表面产生涡流，这些损耗将使转子的温度升高，使发电机转子发热和产生附加损耗。同时由气隙合成磁场所产生的交变磁力矩作用在定子机座和转子转轴上，将引起两倍工频的附加振动。
负序电流流入系统中使异步电动机机端电压不对称，正序电压分量减小。当电动机机械功率不变时，转子电流必将增大，造成各相的出力不均，运行效率降低，电动机过热。同时负序电流产生的负序磁场对转子产生制动力矩，使电动机的出力下降，会可引起电动机的额外发热，严重时甚至会烧毁电机。
对其周围的通信设备以及通信线路而言，负序电流将是一个很大的干扰源，对通讯设备及电路带来很大的干扰，严重影响正常通信信号质量，破坏正常的生产与生活秩序。
