公司财务制度控制的程序大致可分为以下三个步骤：

1．制定和颁布财务制度

原则上公司综合财务管理制度由公司董事会根据国家统一财务制度制定，由监事会审阅，在经股东大会审议批准后颁布实施；日常财务管理制度、成本管理制度则由公司经理班子根据国家统一财务制度及公司综合财务制度制定，由内部审计机构及财务总监审阅，在报公司董事会批准后颁布实施。对于规模较大、内部管理层次多的一些大型集团公司，还应分层次制定财务制度，如集团所属分(子)公司根据总公司颁布的财务制度制定与本单位经营特征及管理要求相适应的日常财务管理制度和成本管理制度；生产厂或营业部根据分(子)公司的财务制度制定内部成本管理制度或费用控制制度等。

2．执行财务制度

执行财务制度是各级财务行为主体以财务制度为依据，实施自我约束和调节的行为过程，从控制性质看，它是一种行为控制，从控制时间看，它是一种事中控制。要确保财务制度的有效执行，必须具备一些基本的前提条件，主要有：加强对财务制度的宣传教育，使各级财务行为主体熟悉财务制度；强化财务行为主体的法规意识和职业道德修养，使他们能够自觉依法按规行事；有完善的奖惩办法和严格的奖惩程序，使各级财务行为主体具有依法按规行事的内在动力和外在压力。

3．检查制度执行情况

要使公司财务制度能有效执行，有赖于建立健全严格的检查、监督制度并执行相应的程序。财务制度执行情况的检查监督原则上应由公司内审机构组织有关人员进行，检查时间可采取定期检查和适时检查相结合。在制度执行情况的检查中，对偏离制度的行为应进行客观分析，明确是制度本身的问题还是执行行为的问题，若属于制度本身问题，应及时修正和完善制度，若是执行问题，则严格执行奖惩程序，以维护制度的严肃性。