贵州省地质环境监测院始称贵州省地矿局环境地质大队。其前身是中国人民解放军基建工程兵水文地质工程地质指挥部九一0大队。1991年更名为贵州省地质环境监测总站，同时增挂贵州省地矿局环境地质研究所的牌子。原住遵义市红花岗区官井路91号。

2007年6月22日，经贵州省编办发[2007]100号文批复，同意在省城贵阳重新设立贵州省地质环境监测院，同时加挂贵州省环境地质研究所的牌子。同年11月10日正式挂牌运行。现住贵州省贵阳市观山湖区石林西路171号贵州省地质科技园6号楼。

根据省编办下发的“三定方案”，贵州省地质环境监测院是贵州省国土资源厅和贵州省地矿局共管的公益性正县级事业单位，是保障各级人民政府履行地质环境保护和地质灾害防治职能的重要技术支撑。编制150人，内设6个科室，下辖8个直属监测分院。配备领导职数5人（现实有3人），现在册人数76人，已设立的6个内设机构，分别是办公室、财务科、综合室、地质环境与地质遗迹调查科、预警预报信息科、地质环境监测科。除黔西南州以外，其余的7个市（州、地）已成立监测分院并与当地国土资源局合署办公。

作为全国地质环境监测网的重要组成部分，以保护青山绿水为己任，大力实施“调查、监测、科研一体化”战略，积极为贵州省经济社会发展提供地质安全保障。目前拥有地质灾害危险性评估甲级、地质灾害防治勘察、设计、监理甲级资质证书；水文地质、工程地质、环境地质调查及液体矿产勘查乙级资质证书，并获得ISO19001质量管理体系认证证书。通过两年的建设，已打造成一支具有较高能力的地质调查队伍，满足中国地质调查局关于《地方公益性地质调查队伍能力建设评估要点》规定的A级单位要求。