2005年被列为中国物种红色名录，2010年被列为中国国家一级珍稀保护植物名录，被称为“植物界的大熊猫”。 列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）——极危（CR）。
距瓣尾囊草相当珍贵稀少，全世界仅存2026株（截止2011年），仅分布在稀有的泥盆纪石灰岩的江油涪江段。
特殊的生物学习性及生态环境不利于大量繁殖：距瓣尾囊草对环境要求较高，尤其是对土壤条件要求苛刻。喜阴，耐旱，多生长于陡峭崖壁上半风化的石灰岩裂隙内，半风化的石灰岩裂隙内泥土较少，保水性较差，土壤比较干燥。贮藏根被覆少量泥土，大部分裸露在外。果实成熟时，果柄自然向岩石缝隙中弯曲生长,种子成熟后蓇葖果心皮开裂,种子散落在缝隙土壤中完成自然播种。散落在石缝贫瘠土壤中的种子如果不能及时吸收足够水分就不能萌发，导致繁殖失败。刘友权等研究认为，距瓣尾囊草种子的萌发率不高，幼苗存活率很低[。这些特征很可能是造成距瓣尾囊草不能大量繁殖，从而逐渐濒危的主要原因。
人类活动对其生境的影响：现存的距瓣尾囊草主要生境距离乡村主要道路约5米，距离涪江上游河流不足100米，周边常有行人、车辆经过，且受放牧、挖药、砍柴等人类活动影响，加之该植物花色鲜艳，叶色随季节变化，易引起路人注意而被采摘。2007年道路两侧平坦处仍有少量植株分布，2009年未在此处再发现该植物。另外，修筑道路时，由于当地居民缺乏对该物种的认识，也可能造成大量距瓣尾囊草死亡。
中国对珍稀濒危植物的保护主要有迁地保护和就地保护2种方式。距瓣尾囊草面临的生存问题，实际上是水利工程建设和生物多样性保护之间的矛盾问题，武都水库建成蓄水后将淹没其现有的生存环境，所以就地保护无法实施，应考虑以下几个途径：
加强该植物的生物生态学研究，为保护提供科学指导
关于该植物的研究报道极少，尤其是关于其濒危机制、生殖生态学、生境土壤理化性质等方面的研究尚属空白，所以，开展保护工作难度较大。现有资料的某些结论也有待进一步验证，如有文献指出该植物喜阴湿，但在引种移栽试验中发现，湿度过大反而影响其正常生长，这一结论也可从该植物野外适生的干燥岩缝环境中得到验证。
实行引种栽培，进行迁地保护,为进一步研究提供材料
人工引种栽培，进行迁地保护是解决距瓣尾囊草濒危问题最直接、最有效的途径，田英等在对宁夏六盘山濒危植物桃儿七的保护中也曾提出该措施。移栽成活率已达80%，移栽植株可正常生长、开花、结实，但鉴于该物种数量有限，开展大规模的引种移栽试验仍需慎重。
通过组织培养技术，实现个体增殖
植物组织培养技术已在多种植物的快速繁殖、种质资源保存中得到了广泛的应用。探索适合于距瓣尾囊草离体快速繁殖的技术，建立起一套高效、快速、稳定的离体快速繁殖体系，不仅可以解决该植物的大量繁殖问题，而且可为长期保存该植物提供科学依据。
采集种子进行人工播种，并建立种子库，实现该种质资源的长期保存
大多数植物的种子在低温干燥的条件下，可以保存较长时间且仍具有发芽能力。采集距瓣尾囊草成熟种子，在适宜的条件下进行保存，需要时再进行播种，不仅可以繁殖植株，而且可以实现该种质资源的长期保存。
