轨道交通控制与安全国家重点实验室筹备于2005年，2006年5月获科技部批准建设，2008年2月通过科技部委托国家自然科学基金委组织的评估，2008年底，实验室开始以实体化方式运作。实验室主任为“百千万人才”国家级人选唐涛教授，学术委员会主任为中国工程院院士、轨道交通专家孙永福教授，常务副主任为国家杰出青年基金获得者、国家973计划项目首席科学家高自友教授。此实验室是在整合教育部重点实验室“交通运输智能技术与系统实验室”、铁道部重点实验室“运输自动化与通信实验室”、“交通运输系统模拟实验室”、北京市重点实验室“城市轨道交通自动化与控制”、国家认可实验室“电磁兼容实验室”以及铁道部“GSM-R研究与应用模拟系统实验室”的基础上，依托“交通运输规划与管理”、“交通信息工程及控制”、“通信与信息系统”三个国家级重点学科及全国评估排名第一的“系统科学”学科而成立。
