观测高度要根据冠层的高度和风浪区的大小来决定。传感器离开冠层高度越高，影响到观测结果的上风侧的地表面积就会越大，因此需要更长的风浪区。为了提高通量观测的空间代表性，在能够满足风浪区要求的前提下，尽可能地提高观测高度是比较好的。应尽可能避免在冠层附近观测，这一点对森林生态系统的观测特别重要。原因是森林粗糙度大，与草地相比对通量影响的面积狭长，如果不能正确确定观测高度，所观测的结果可能仅仅是测点附近的特异通量值。

在决定观测高度的上限时，过去一般多采用风浪区与观测高度(离冠层平均高度的距离)的比作为指标。一般希望这个比值在3%以下。最近，通量贡献区(footprint)分析方法得到了应用，据此已经可以大致地评价通量观测结果的空1司代表性。所谓通量贡献区是表示上风向的地表面对观测通量结果贡献的权重系数，可用无限大的上风吹走距离积分表示，则其最大值为1。因此设定几个参数，事前计算通量贡献区，就可以作为决定观测高度时的重要参考。