根据上述职责，市审计局内设12个内设机构：

（一）办公室

负责局机关内部会议决定事项及领导交办事宜的督办落实和结果反馈；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担财务、保密、信访、宣传、督查、督办、政务公开和信息化等工作；承担机关的人事管理、机构编制、教育培训和审计专业技术职称考评等工作；负责全市审计机关信息宣传等工作；负责局机关的离退休人员工作；负责管理局机关固定资产、车辆、办公物品的采购、接待服务等工作；负责局机关计划生育、环境卫生、安全消防、综合治理工作；负责局机关和全市审计系统纪检监察工作，受理有关举报信访案件；承办领导交办的其他工作。

（二）综合法制科

负责拟订全市审计工作的政策、规划和年度计划；负责统计工作；承担有关规章、制度的起草工作；负责全市审计干部的业务培训工作；承担局机关审计业务文书的合法性、规范性审核工作；负责复核、审理审计业务事项；承担审计行政复议、行政应诉或市政府裁决中的有关事项；负责检查、考评全市审计机关的审计质量；负责全市审计系统的普法宣传、教育工作。

（三）经济责任审计一科（经济责任审计工作联席会议办公室）

负责拟订全市经济责任审计有关规章制度草案，指导和协调全市经济责任审计工作，审核经济责任审计相关报告；承担各县（市、区）人民政府、人民法院、人民检察院市管党政机关领导干部经济责任审计工作，开展相关专项审计调查。

（四）财政金融审计科

承担市级预算执行和其他财政收支情况，以及县（市、区）人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况的审计工作，开展相关专项审计调查。根据省审计厅授权，开展本市中央国有金融机构和中央国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益，开展相关专项审计调查。

（五）行政事业审计科

承担市本级预算执行部门（含直属单位）财政财务收支情况的审计工作，开展相关专项审计调查。

（六）农业与资源环保审计科

承担市本级管理的农业、林业、牧业、水利、扶贫开发等专项资金的审计工作，开展相关专项审计调查；承担市本级管理的资源能源开发利用及生态环境保护资金的审计工作，开展相关专项审计调查。

（七）固定资产投资与外资运用审计科

承担中央、省级、市级投资和以中央、省级、市级投资为主的建设项目的审计工作，开展相关专项审计调查；承担国际组织和外国政府援助、捐赠、贷款项目的财务收支审计工作，接受审计厅授权开展外资运用审计和相关专项审计调查。

（八）社会保障审计科

承担市本级管理和受其他单位、部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金的审计工作，开展相关专项审计调查。

（九）经贸审计科

承担市经贸、商务部门及其所属单位的财务收支情况的审计工作；负责对市国有企业和国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益以及市属国有资本经营预算的审计工作，开展相关专项审计调查。

（十）经济责任审计二科

承担市直党政部门领导干部、事业单位领导人员和市属国有企业及国有资本占控股或主导地位企业主要负责人经济责任审计工作，开展相关专项审计调查。

（十一）计算机审计管理科

为组织、协调全市审计机关信息化建设工作；组织计算机审计软件和技术的推广应用并实施计算机审计；负责计算机审计业务培训；负责局机关信息系统、网站、计算机及相关设备管理和日常维护。

（十二）审计核查与监督科

指导和监督内部审计工作，核查社会审计机构对依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。