研究所承担并完成了关于沸腾凝结换热强化、热管技术、封闭空间自然对流、微槽换热、高效强化传热传质技术、环境治理技术、新能源技术、替代工质换热、多孔介质内多相流动与传输特性、管口高温硫化腐蚀保护、汽车散热器、流动减阻等国家部委省市级纵向科研项目50余项，横向合作科研项目60余项。
主要合作科研项目包括：
上海宝钢4063M3高炉热风炉排烟余热热管回收装置、原一机部硅整流元件热管风冷散热器、都江电力修造厂热管生产技术、成都29所十号工程雷达行波管微槽风冷散热器、卧引天然气脱硫工程废热锅炉管口热保护等。
至2008年底，承担了包括国家自然科学基金重点项目在内的国家和省部级项目10余项。
完成或正在承担的主要科研项目：
国家杰出青年基金项目：微生物能源转化过程中的多尺度热物理问题研究
国家自然科学基金项目： 基于光弥散载体的光生物膜制氢系统的传递及产氢特性
国家自然科学基金： 基于PDMS渗透膜的气液两相生物膜反应器内传递特性及生长代谢耦合作用机制
国家自然科学基金项目：具有可渗透边界和气体逸出的微小槽道内气液两相流动行为及特性研究
国家自然科学基金： 采用光照可再生阴极电子受体的循环式微生物燃料电池及传递特性研究
国家自然科学基金： 微流体系统中含DNA分子流体流动与传热特性研究
国家自然科学基金重点项目:光生物制氢中光生化转化和传输机理
国家自然科学基金项目： 含光生化反应的双重弥散结构多孔介质内多元多相流体流动与传输特性
国家自然科学基金项目： 微型直接甲醇燃料电池的双重弥散毛细多孔介质热质传输模型及特性
国家自然科学基金项目： 梯度表面能材料上凝结液滴快速运动机理与凝结换热强化
国家自然科学基金项目： 填料床内多元多相生化反应体系传输过程的多相混合模型
国家自然科学基金重大项目：微通道与微结构内的对流与相变传热传质研究
国家自然科学基金项目： 水平管外膜状凝结换热强化
国家自然科学基金项目： 高热流密度下微槽结构表面的受迫对流
国家科技攻关计划重大项目： 生物质能开发利用关键技术的研究
教育部新世纪优秀人才支持计划： 具有可渗透多孔边界的微小槽道内多相流动及传输特性
教育部新世纪优秀人才支持计划： 含生化反应的复杂多孔填料床内多相流动及传输特性
教育部优秀青年教师资助计划：基于MEMS加工的微型燃料电池内热质传输特性研究
教育部留学回国人员科研启动基金项目：超临界二氧化碳工质在微小槽道中的传输特性
高等学校博士学科点专项科研基金项目：厌氧制氢固定化细胞双重弥散多孔介质内多相流动及传输特性研究
中国博士后科学基金面上资助项目：采用多碘离子的微生物燃料电池阴极内物质传输和电化学特性研究
高等学校博士学科点专项科研基金项目：新型三维扩展表面水平管内的凝结换热
重庆市科技攻关项目： 废气生物膜过滤器关键技术与新型高效生物滴滤装置研究
重庆市科技攻关项目： 具有高效破壳与集气性能的内循环自热式沼气反应器
重庆市自然科学基金： 燃料电池阴极流场内涌流液滴动态行为及特征
重庆市自然科学基金： 微生物燃料电池中可再生阴极电子受体的电化学和传输特性研究
重庆市自然科学基金项目：光生物制氢生物膜反应器内生物膜的形成及传输特性研究
重庆市自然科学基金项目：应用格子-波尔兹曼方法研究微通道中基于电渗驱动的组分混合及相关热效应
重庆市应用基础研究项目： 微型燃料电池内热质传输特性研究
重庆市应用基础研究项目： 污染土壤原位微生物修复过程中的传输特性研究
重庆市应用基础研究项目： 废气处理生物膜填料床内传输特性研究
重庆市中青年科技专家基金项目： 汽车微散热器流动与传热性能研究
重庆市计委项目： 电厂脱硫系统仿真系统技术开发
(1) 美国发明专利 Rapid Vapor Generator, US6,169,852 B1; 2001.
(2) 中国发明专利 光电式液体表面浮油层厚度在线测量方法和系统，CN101042297,2007.
(3) 中国发明专利 一种高效产氢光合细菌菌株，CN101050443,2007.
(4) 中国发明专利 一种具有产氢行为的光合细菌菌株， CN101050444,2007.
(5) 中国发明专利 一种利用沼泽红假单胞菌制氢的方法， CN101041832,2007.
(6) 中国发明专利 内置导光散射柱的光生物制氢反应器， CN101020890,2007.
(7) 中国发明专利 微槽透光板式光生物制氢反应器，CN101020889,2007.
(8) 中国发明专利 光纤布拉格光栅传感器及其在线测量微生物膜厚度的方法， CN101021596,2007.
(9) 中国发明专利 一种具有产氢特性的光合细菌菌株的培养方法，CN101063098,2007.
(10) 中国发明专利 在线测量生物量浓度的光纤传感器系统， CN101042327,2007.
(11) 实用新型专利 电采暖器， ZL 95 2 41936.X, 1996.
(12) 实用新型专利 光电式生物菌悬液浓度传感器，200520033254.X, 2005.
(13) 实用新型专利 光电式液体表面浮油层厚度在线测量系统，2005200100951, 2005.
(14) 实用新型专利 自呼吸式直接甲醇燃料电池，200620111585.5,2006
(15) 实用新型专利 堆叠式自呼吸直接甲醇燃料电池堆，200620111958.9,2006
至2008年底，研究所相关人员在国内外学术刊物发表学术论文600余篇，部分被SCI、EI引用100余次。
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