重庆水利电力职业技术学院。承担大专学历教育，以及水利、电力等相关方面的科学研究、继续教育、专业培训、学术交流等工作。

市农村水利水电中心。指导水利行业的水电管理；组织协调农村水电电气化工作；组织实施水利行业农电体制改革、农网建设改造和城乡同网同价等工作。

市水利信息中心。承担水利信息的采集、加工处理、分析和发布，水利行业信息网络和机关信息系统的建设维护，信息查询与咨询服务，以及市水利局交办的其他事务性工作。

市水利发展研究中心（市水利规划院）。承担水利发展战略、政策、经济和技术等方面的研究，提出对策建议和意见；承担各类水利规划的编制，水利规划技术规范和标准的拟定等工作；对水利规划业务工作进行技术指导。

市河道事务中心。承担河道治理、建设项目论证和资料管理等工作，沙石开采制度的具体实施，参与涉河事件调查，监督实施河道清障。

市水资源综合事务中心。承担水资源利用、节约、保护与管理的具体工作，取水许可制度具体实施，水资源费征收的具体工作，以及市管取水单位的日常监管，节约用水管理、水资源论证管理和相关技术规程、规范、标准的拟定和日常监管等工作。

市水文监测总站（市水质监测中心）。依法具体负责水文行业管理、专业水文测站的审批，发布水文情报预报，组织实施水文水资源调查评价资质管理工作，承担水文监测、水文监测资料汇交和使用审查、水文数据库建设及信息化管理，开展水文科技研究和水文人才培训等工作。

市水利工程质量中心站（市水利工程造价站、市水利工程建设稽察技术服务中心）。管理全市水利工程质量监督工作，指导区县水利工程质监站工作；对全市水利工程实施质量监督；对受监督水利工程的质量事故处理实施监督；参加监督水利工程的验收；开展全市水利工程质量检查活动；组织全市水利工程质监人员培训。接受委托组织实施水利工程造价管理工作。承担水利工程建设项目稽察的具体工作。

市水利工程运行安全总站（市水库大坝安全监测中心）。开展水利已成工程管理和安全监测工作，承担水库大坝及水闸的注册登记、安全鉴定、复核、监测，承办水利工程整治、配套设计审查，以及相关业务指导和统计工作。

市水土保持监测总站。承担全市水土流失动态监测、数据处理和网络管理；承担市级水保重点防治区、治理区、保护区的调查评价和工程规划设计；负责全市水土保持规划的技术指导、咨询和评审；承担水保技术培训、科研和新技术的引进推广；承担重点水保工程项目建议书和可行性研究报告的编制等工作。

市水旱灾害防御中心（市水利防灾物资储备中心）。承担抢险救灾物资设备的管理维护和组织调运，以及应急救援新技术的研究和推广运用等工作；参与重大洪水、干旱、水利工程险情等灾害的抢险救援，协助防汛抗旱应急体系建设与管理；承担中央防汛抗旱物资重庆仓库管理工作。

市三峡库区工作服务中心。承担三峡后续项目库建设，项目绩效评价、咨询评估、实施情况监测、验收等事务性工作。 

市水利培训中心。承担全市水利系统干部教育培训和三峡移民培训的保障服务工作。

市水利局机关后勤服务中心。为局机关政务活动和运行提供后勤保障服务，承担局机关国有资产管理的相关事务性工作。