(一)秘书科

认真贯彻执行党的各项路线、方针和政策，协助局领导抓好政治理论学习和思想工作；做好上传下达，协助领导组织行政事务管理工作，完善局内各项规章制度，主动当好局领导参谋助手；协助领导抓好本局系统党群组织建设和纪检监察及信访工作；规范文秘行为，提高办文质量，搞好文件的收发、送阅、催办、归档、印信和保密工作；加强和规范人事管理工作，制定完善好人事管理制度，负责承办本局系统权限内的干部任免、考核、晋升、奖惩以及退休人员的管理；健全财务管理规章制度，加强财务管理和监督；督促和检查报建窗口的报建受理工作及各科室办证工作；加强车辆、办公用品和公共财产的管理，做好机关后勤服务工作；完成局领导交办的其他工作。

(二) 规划与工程科

负责总体规划，分区规划，详细规划，各专项规划，城市重点地段城市设计，总平面设计的编制组织及审查的具体工作；负责辖区内各类建设项目用地选址的调整、土地出让、转让等用地规划管理工作；办理建设用地规划许可证的核发工作，并提出规划设计条件和要求；组织研究制定各项规划管理技术规定；对城市建筑、城市广告、城市雕塑方案提出设计方案要求，并组织有关方案的评审工作；负责辖区内各类建设工程项目的报建工作，核发临时建设工程规划许可证；负责辖区内建设工程项目的放线验查工作，核发建设工程放线验查合格单，办理建设工程正式施工手续；负责组织辖区内建设工程竣工验收工作，验收符合规划审批要求的，核发建设工程竣工规划验收合格单及正式建设工程规划评许可证；负责城市规划测绘单位和规划设计单位业务指导协调工作；负责各类规划成果的整理归档工作；责局领导交办的其它工作，协调本局其它科室开展工作。

(三)规划监察科

制定年度查处违法占用地、违法建设实施方案和工作计划；严格依法行政，坚决查处违法违章建设，努力维护我市城市建设的良好秩序；负责《城市规划法》及其它相关法律、法规的宣传普及教育、咨询和解释工作；督促检查本局二层机构的规划行政执法工作；负责组织规划行政执法人员的执法培训，努力提高本局规划行政执法人员的执法素质和执法水平；组织办理违法行为处罚的法定手续；法负责我市规划行政执法案件的应诉、答辩和行政复议；承办局领导交办的各项工作。

(四)防城港市测量队

完成上传下达的各项有关城市规划管理方面的测绘任务；经营性服务控制测量、地形地籍测量、城市规划定线与拔地测量、市政工程测量、线路管道测量、建设工程测量、桥梁遂道测量、变形观测。

(五)防城港市规划设计院

丙级城乡规划设计、建筑工程设计、市政工程设计以及丙级城市规划测量、市政工程测量、限额以下地形测量、丙级工程地质勘察。

(六) 市规划综合技术服务中心

为城市建设项目业主提供城市规划综合技术服务。为建设项目业主提供现场踏勘选址、技术资料、规划设计和建筑设计方案论证、验线验基等技术服务。

(七) 城建档案馆

岗位职责：接收和保管本市长期和永久保存城建档案和有关资料，对各单位城建档案工作进行检查监督和指导；编制各种档案检索工具，为档案利用工作服务。城建档案馆

(八) 市规划监察大队

防城港市规划监察大队是受防城港市城市规划局依法委托管理公共事务的事业组织。防城港市规划监察大队内部机构设置：规划监察大队内设城区中队、港口中队、防城中队。