根据上述职责，阿坝州交通运输局设10个内设机构：
（一）办公室
组织协调局机关工作，负责文秘、政务信息、督办、提案办理、档案、机要、政务值班、接待工作，承担绩效管理、政务公开、保密等工作；组织起草局重要报告、综合性文件，承担有关重要会议的组织工作，负责局机关行政后勤管理的协调工作；指导交通运输行业的精神文明建设和新闻宣传工作；承担局机关的安全保卫、社会治安综合治理和反恐维稳相关工作。
（二）政策法规科（行政审批科）
组织开展交通运输行业重大政策研究，指导交通运输行业体制改革工作；组织起草全州交通运输地方性法规、规章草案；承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉和规范性文件审核备案工作；指导交通运输法制宣传教育工作；组织拟订交通运输行政执法装备标准规范并监督实施，管理交通运输执法证件；承办有关行政审批工作。
（三）综合规划科
参与组织编制综合运输体系规划，研究拟订公路和水路行业发展战备、投融资政策，组织拟订公路、水路和运输枢纽等行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施；审核专用公路规划，参与拟订物流业发展战备和规划；承担公路、水路重点建设项目的前期工作和后期评价工作，承担地方交通建设项目审查工作；承担公路、桥梁、隧道收取通行费、站卡设置的协调和管理以及经营权转让的行业管理工作；承担交通扶贫管理工作、局战备工作、公路和水路行业的统计及预测工作。指导交通运输行业招商引资、利用国际金融组织及外国政府贷款工作，组织开展国际、省际经济技术合作与交流，指导交通行业特许经营管理工作；承担交通运输有关外事工作。
（四）建设管理科
组织拟订交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准；监督管理公路、水路建设项目实施，维护公路、水路建设市场秩序；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价、资质管理工作；承担国家、省重点公路、农村公路、水路建设工程项目设计文件审查、施工许可审查和竣工验收；负责对交通建设工程项目的招标投标活动的监督执法；监督国家、省重点公路、水路建设工程的工程进度、工程质量、工程造价；指导公路、水路基础设施的维护和管理。组织拟订交通运输行业科技发展规划、政策、制度并监督实施，组织实施交通运输重大科技项目、科技信息交流工作，组织重大科技成果鉴定和评审、推广工作，承担交通运输行业有关标准、计量工作。
（五）运输管理科（出租车行业指导办公室）
参与拟订综合运输发展战略，承担综合运输体系建设有关协调工作；组织拟订公路、水路运输行业发展政策、发展规划、中长期计划及有关标准规范并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和公路、水路客货运输及站场、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；组织协调重点运输、紧急客货运输和公路、水路联合运输，承担公路、水路运输业经济运行分析，参与运输价格管理；按规定承担物流市场有关管理工作。指导交通运输行业节能减排和全州高速公路统一运行的有关管理工作。组织拟订城市公共客运的行业管理政策、标准和规范并监督实施；指导城市公交客运及有关设施规划和监管工作，指导出租汽车行业管理工作；指导城市地铁、轨道交通运输的运营管理，指导城市公共客运服务质量的监督管理工作。
（六）安全监督科（应急办公室）
指导公路、水路行业安全生产，按规定负责交通运输应急管理工作，组织拟订公路、水路安全生产政策和综合性安全生产、应急管理的相关制度并监督实施；指导交通运输行业应急处置体系建设；组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作。
（七）财务科
组织拟订交通运输行业财务会计管理制度，编制交通运输行业中长期财务规划，指导和监督交通运输行业会计核算、财务管理工作；承担交通专项资金筹集、监督、管理和外汇、信贷及利用外资的财务管理工作，承担局机关及直属单位财务收支预、决算管理工作和国有资本、国有资产的监督管理工作，承担除通行费外的行政事业性收费管理工作；负责局机关的财务管理和政府采购管理工作。
（八）审计科
指导交通运输行业审计工作，组织拟订交通运输行业审计工作制度并监督实施；依法监督本部门及所属单位的财务收支及其他经济活动；组织实施对交通投资建设项目和专项资金使用及管理情况的审计或审计调查工作。
（九）人事科
负责局机关和局直属单位机构编制、人事管理、劳动工资、社会保险和年度考核工作；指导行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的培训考核、劳动保护及职业病防治工作；管理交通运输行业职业资格、专业技术职称评审和聘用工作；负责局机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作；负责机关和直属单位的党群工作；负责接待、处理群众来信来访，督查督办信访案件，协调处理群众性上访事件；指导、协调直属单位信访工作。组织拟订交通运输行业教育发展规划、政策、制度并监督实施，指导交通运输行业职业教育和培训工作，管理局属职工教育培训中心。
（十）阿坝州交通战备办公室（阿坝州保护通信线路安全办公室）
负责起草交通战备法规草案，制定有关实施意见和措施，规划全州国防交通网路布局，对州内交通建设提出有关国防要求的建议；参与有关交通工程设施的勘测、设计、鉴（审）定和竣工验收，监督检查和协助组织国防要求的贯彻落实；拟订国防交通保障计划，组织国防交通专业保障队伍，平时担负抢险救灾等突发事件的交通保障任务；负责全州的国防运力动员和运力征用，制订和实施全州国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织全州国防交通科学技术研究及其成果的推广、应用，负责全州保护通信线路安全工作的组织、协调、检查督促工作，参与有关保护通信线路安全的综合治理工作；指导、检查、监督全州铁路、交通、邮电、民航等部门及各县的国防交通工作。
