（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担会议组织、综合文稿起草、公文办理、档案、保密、机要、信息、安全、督查、宣传、信访、政务公开、制度建设、车辆管理、公务接待等工作。负责部门预决算的编制、执行和财务、资产管理工作。负责机关及所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资、职称管理等工作。负责机关及所属单位的党群、纪检和离退休人员工作。指导水利系统人才队伍建设。

（二）规划计划科。组织编制全盟水利综合规划、专业规划和专项规划，审核全盟重点水利工程项目建议书、可行性研究报告。按规定权限指导开展水利工程建设项目合规性审查及水利基础建设项目的立项和报批有关工作，组织开展调水工程前期工作。组织指导有关防洪论证工作。提出全盟水利基本建设投资计划和水利专项资金的安排建议并组织实施。承担全盟水利统计、水利科技和水利学会相关工作。统筹协调水利项目实施的监督管理和绩效评价。

（三）建设与管理科。组织指导全盟水利工程建设管理工作，按规定权限审批水利工程初步设计。组织实施水利工程建设质量管理工作，指导水利建设市场监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利行业安全生产工作，负责水利安全生产综合监督管理工作。负责指导水库、堤防、水闸等水利工程的运行与管理。参与水利生产安全事故调查处理相关工作。协调指导水旱灾害防御工作，承担水情旱情监测预警、水工程调度和防御洪水应急抢险技术支撑。

（四）水土保持科。负责全盟水土流失综合防治工作。组织编制全盟水土保持规划并监督实施，组织全盟水土流失监测、预报并公告。指导并监督水土保持项目建设。按规定权限负责审批盟本级立项的生产建设项目水土保持方案并监督实施。协调全盟水土保持科技工作，指导水土保持服务体系建设。

（五）农牧水利科。指导农牧区水利工作。组织开展大中型灌排工程建设与改造，按规定权限审批农牧区水利工程初步设计。组织指导农牧区饮水安全工程建设与管理工作。指导农牧区供水排水工作和节水工作。指导农牧区水利管理体制改革和水利服务体系建设。

（六）水政水资源科。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，按规定权限组织实施水资源取水许可、水资源论证等有关工作。指导水量分配并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展全盟水资源调查评价有关工作。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导节约用水工作，指导和推动节水型社会建设。指导水利行业供水和城镇中水回用等非传统水资源开发工作。指导水权收储工作并监督实施。组织实施全盟水权转让工作。负责起草有关规范性文件，承办行政复议、行政应诉、行政赔偿工作。按规定权限指导水利行政许可有关工作并监督检查。组织指导水政监察和水行政执法工作，协调跨旗区的水事纠纷，组织查处重大涉水违法案件。

（七）河湖科。承担盟河长制办公室的日常工作。负责组织河湖长制工作的协调、调度、督导和考核工作。负责河道采砂影响防洪安全、河势稳定、堤防安全工作。牵头实施河道采砂监督管理和河道采砂规划编制工作。指导全盟江河湖泊水域及其岸线的管理和保护。指导全盟水文工作。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。