根据上述职责，区水务局设4个内设机构。

（一）办公室（防汛防旱防风指挥部办公室）

负责文电、会务、机要、档案等机关的日常工作；承担信息、安全、保密、信访、督办、政务公开等工作；负责自然灾害应急救援后勤保障的管理工作。

“三防” 指挥部办公室负责组织、协调、监督、指挥全区防汛防旱防风防冻工作；对重要的水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；负责全区水旱灾情发布，指导、监督水库的抗洪抢险工作；编制全区防汛防旱防风防冻应急预案并组织实施；指导水利突发公共事件的应急管理工作；负责三防物资仓库管理工作；负责区轻舟中队管理工作；负责三防指挥系统网络建设和维护；宣传、贯彻执行国家、省、市有关“三防”工作的法律、法规和政策；负责区“三防”指挥部办公室的日常工作，掌握水情、雨情、旱情、险情、灾情，并及时向上级报告；组织做好防汛抗旱的器材、物资的储备工作；组织防汛安全大检查，督促危险工程的处理及水毁工程的修复；编制全区防御特大洪水预案、抗旱预案及防洪应急措施；组织审定区、镇管的中型、小（一）型水库和重点小（二）型水库的汛期防限水位，并监督执行；负责三防经费、物资的计划调配；负责落实各项防汛责任制、三防值班制。

（二）计划财务股

负责制定全区水利、水电事业的中长期规划及年度计划的编制、立项和申报；参与水利工程竣工验收；承担水利科技管理和水利统计等工作。负责局水务信息化项目建设和运行管理工作。

承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报；审核开发建设项目水土保持方案并监督实施；组织开展农田水利基本建设、灌区改造和小流域综合治理工作。

组织编制区级水务部门预算、决算；承担水利建设资金管理使用、水利工程建设管理的审计监督及绩效评价工作；承担机关并指导直属单位的财务、劳资、国有资产监管和内部审计工作。负责重点水利工程建设投资进度统计上报工作。

（三）水政水资源股

组织开展普法、水法规宣传；承担区管河道水域的管理和保护工作；指导、监督水政监察和水行政执法；承担有关规范性文件和执法文书的合法性审核；承担有关行政复议、行政应诉和本地区水事纠纷的调查处理工作；承担河道采砂的管理与监督工作。

组织实施水资源取水许可、有偿使用和论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；负责水量分配、水功能区划、水资源调度和节约用水工作；承担饮用水水源、地下水开发利用和城市规划区地下水资源的管理保护工作；监督入河排污口设置工作；指导水利行业供水和乡镇供水工作；组织编制水资源公报。

负责查处水事违法案件、调解水事纠纷；实施取水许可、河道采砂（石）许可、河道占用审批、水土保持方案审批、污水排放口设置审查等；依法征收水资源费、河道采砂管理费、河道管理范围占用费和水土保持补偿费等依法应该征收的水利规费。

（四）建设与管理股（水库移民办公室）

负责组织区内水利设施的管理和保护；负责组织实施农田水利、机电排灌、农村饮水、节水灌溉等各项水利工程的设计、建设和运行管理；指导全区水务系统安全生产工作；水工程度汛安全检查、安全隐患的处理与修复；工程招投标工作；负责全区水利工程白蚁防治工作；承担区水利工程建设竣工验收工作。

水库移民办公室负责区水利水电移民安置管理工作；按职责开展全区新建、扩建、除险加固水利水电工程征地补偿和移民安置工作；贯彻执行有关水库、水电移民安置工作的法律、法规、政策，协调处理全区水利水电工程移民（包括以发电为主的南水水库移民、安置在我区的省属水库移民和外地迁入本区的其他水库移民）后期扶持管理工作；负责水库移民专项资金使用计划的安排、申报、审批、检查、监督以及统计报表的汇总上报工作；处理和接待移民来信来访。