项目整体变更控制系统运行过程将包括实施、信息收集和反馈三大要素，以确保对项目的有效控制。

项目整体变更控制系统的运作是由实施开始，项目在实施过程中将产生实施效果的信息，这些信息经过记录和处理，形成反馈信息呈送给项目高层管理者，便完成了项目变更控制系统的第一步。如果项目在实施过程中，反馈的信息与项目整体计划没有偏差，项目经理就可以领导项目团队继续执行原定的项目整体计划；但如果项目实施反馈意见与项目计划发生了较大偏差，项目经理就要对项目的实施过程进行调查，提出变更申请，由变更控制委员会进行审查和决定。

变更控制委员会决策是否需要变更，故具有充分的权力。因此，变更控制系统应当明确规定变更控制委员会的责任和权力，并由主要的项目利益相关者认可。对于每个项目来说，通常都会成立一个专门的变更控制机构，变更控制委员会是一个项目内部的管理机构，变更控制委员会应该由下面几部分组成：项目法人代表、项目经理、项目技术负责人、配置管理负责人、质量保证负责人、测试负责人和成本管理负责人，有时还有设计方的代表。

变更控制委员会一旦批准项目变更，就要及时传递批准通知书及相关文件，同时，与项目参与各方积极沟通。项目经理则开始按新计划布置工作，主动与相关单位联系和沟通。

可见，沟通是项目变更控制的一个重要方法。项目经理要运用书面的或口头的执行报告进行项目变更的确认和管理工作。项目经理可以进行一些非正式的会议，与项目团队进行及时有效的沟通，发现项目中潜在的问题，分析已出现的问题并及时解决。

项目变更控制系统还应当有处理自动变更的机制。自动变更，又称现场变更，是不经事先审查即可批准的变更。多数自动变更是由意外的紧急情况造成的，项目经理在这种情况下可以发挥自己的管理能力，有效的完善对项目紧急情况的变更处理，通过与项目利益相关者的沟通来解决，将项目变更的影响调控到最小范围。

最后，引起变更的原因，各相关责任人必须记录在案，这样做的目的不是为了指责和归罪，而是为了日后更好地控制和借鉴。