据2017年12月黄科院官网显示，黄科院形成了以河流泥沙、水土保持、堤防安全与病害防治等为优势学科，以工程力学、防洪减灾与水利管理、水资源与水生态、高新技术、灌溉与节水技术、水利信息化与测控技术等为支撑学科的创新体系，涵盖专业达60多个；设有人力资源和社会保障部和全国博士后管委会共同授予的黄河水利委员会黄河水利科学研究院博士后科研工作站、与河海大学合作建立黄河研究生培养基地，黄河研究生培养基地专业涉及水文及水资源，水力学及河流动力学、水工结构工程，水利水电、岩土工程以及环境工程等。
据2017年12月黄科院官网显示，黄河研究生培养基地拥有硕士生指导教师有28人，博士生导师6人；先后培养了水利水电工程、水力学与河流动力学、水文水资源等专业研究生44名。
2004年，黄科院与河海大学水资源环境学院联合举办异地授课班，招收学生37人；2006年与武汉大学水利水电学院共同组织研究生课程学习，招生学生29人。通过委托培养等方式，美国密西西比大学、荷兰IHE大学、北京航空航天大学、河海大学、西安理工大学等为黄科院在职培养博士8人、硕士26人。
