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茎块状,2~3瓣裂,下部生根,叶扁平似韭,基部扩大成鞘状,莲座状生于茎上,在接近扩大处的腹面有一叶舌,其下生有鳃盖状的保护结构──缘膜,覆盖着叶腋长出的孢子囊。通常大孢子囊生于外围叶的叶腋,小孢子囊则生于内层叶,它们分别产生大、小孢子,萌发后发育成大、小配子体,产生雌、雄两性器官,进行有性繁殖。水韭叶内有4个纵向气室,并常为横向隔膜分隔成小室,为水生植物中所特有。