1957年8月17日，在南京成立“江苏省水产科研所筹备处”。同年10月正式批准成立江苏省水产科学研究所。1958年4月，水产部在江苏省水产科学研究所的基础上成立了长江水产研究所。
1960年6月，长江水产研究所和江苏省水产科学研究所划归省农科分院领导。1962年5月，两所移归省水产局领导。1965年9月，两所分开。长江水产研究所109人迁往湖北省沙市。
1966年，在“文化大革命”开始后，科研工作基本停顿。1969年12月，撤销江苏省水产科学研究所，仅留19人并入省农业科学研究所，建立水产组。
1976年4月，恢复江苏省水产科学研究所建制。由于省交通厅未能归还原所址，改在原所的牛蛙试验场重建。1978年5月，经省革委会批准，江苏省水产科学研究所一分为二，分别设立江苏省淡水水产研究所和江苏省海洋水产研究所，江苏省海洋水产研究所在南通市建所。
1989年7月，迁往南通市教育路31号办公 。
