根据上述职责，市环境保护局设8个内设机构：

（一）办公室（人事科）

负责文电、会务、机要、档案、保密、政务公开、信息、督查督办、局机关安全保卫工作；负责局机关及直属单位财务、国有资产管理工作；负责局机关及直属单位后勤服务工作；负责局工会工作；负责机关和直属单位的纪检、监察和党群工作；负责机关和派出机构、直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、外事等工作；指导本市环保系统机构建设、队伍建设和行政体制改革；负责机关和派出机构、直属单位的离退休人员服务工作。

（二）法规与宣教科

组织实施环境保护法律、法规、规章、标准和政策；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议、行政应诉等工作；组织和协调环境保护宣传教育工作；承办局新闻审核和发布工作；负责环境科技对外交流与合作；负责企业守法证明工作。

（三）污染控制科（生态保护科）

监督管理全市大气、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品以及机动车的污染防治；参与反生化恐怖袭击工作。综合管理全市自然生态环境保护和农村环境保护；组织编制生态保护规划；组织开展全市生态状况评估和生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；指导生态示范创建及农村环境综合整治工作。

（四）环境规划科

组织编制环境功能区划、环境保护规划；审核环境保护专项规划；编制环境保护任期目标和任务，承担环境保护责任考核工作；会同有关部门管理市级以上环境保护专项资金；承担环保模范城市复查的相关工作;监督管理全市水污染防治和水环境保护工作；监督饮用水水源地环境保护工作；依法指导、协调和监督海洋环境污染防治；承担市水环境综合整治工作领导小组办公室的日常工作；组织开展环境监测，实施环境质量公告制度；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；组织建设和管理本市环境监测网和环境信息网；承担环境保护科技工作；会同有关部门组织开展强制性清洁生产审核工作；参与指导和推动环境保护产业发展。

（五）污染物排放总量控制科

拟订全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划，承担总量减排的调度、督查、督办、核查及考核工作；组织拟订并实施全市污染减排计划；组织实施环境统计和污染源普查工作。

（六）环境影响评价管理科

承担权限内的规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价管理工作；对超过污染物排放总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。

（七）核与辐射环境管理科

负责核事故预防和应急日常事务的组织协调工作，组织制定并实施本市核应急预案及核电厂场外应急计划，组织审查本市核应急单位核事故预防和应急方案并监督检查落实，组织本市核事故应急演习和应急工作人员培训，负责公众核辐射安全方面的宣传教育工作；承担市民用核设施事故预防和应急管理委员会办公室的日常工作；监督管理辐射环境及核技术应用中的污染防治工作；承担权限内涉源单位辐射安全许可证的审批及放射性同位素的转让、转移的审批和备案工作；承担权限内核技术应用、电磁辐射、伴生放射性矿物资源开发利用项目环评文件审批、竣工验收及其日常监管工作；协助国家、省对民用核设施等辐射事故进行调查和处理；参与反核与辐射恐怖袭击。

（八）环境监察分局

指导、监督、协调全市环境保护综合行政执法工作；监督检查环境保护法律、法规、标准的执行情况；组织协调全市重大环境事件的应急工作和调查处理；协调处理跨县、区环境污染事故和纠纷；组织实施建设项目环境保护“三同时”、竣工验收等工作；监督检查污染治理设施运行情况以及限期治理项目任务完成情况；组织实施排污申报登记；指导全市排污申报核定以及排污费征收管理工作并进行稽查；承办重大环境信访案件的调查处理；实施行政处罚。