根据上述职责，市财政局设19个内设机构：
（一）办公室
承担重要会议的组织、重要材料的起草；承担文电、机要、信息、调研、宣传、档案、督办、政务公开、保密、信访、办公自动化、外事、接待及本局财务、资产管理和机关安全保卫等工作。
（二）法规税政科
参与起草有关政策规定和实施办法；承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担国家赔偿费用管理工作；承担有关行政处罚听证、行政复议和行政应诉工作；承担有关法制宣传教育工作；研究提出税制改革、税种增减、税目税率调整以及关税、进口税收政策等方面的建议；承担税收政策调查研究有关工作。
（三）预算科
执行国家财政预算的方针、政策，提出财政发展战略和政策；编制中长期财政收支计划；分析预测宏观财经形势；承担地方性政府债务管理及政策研究；承担预算管理制度的制定和执行工作；代编年度全市预决算草案，编制年度本级预决算草案；承担本级财力管理；拟订本级部门预算管理制度；承担市直部门预算的综合审核、批复、调整工作；承担市财政与省财政结算、对市（区）财政总决算的批复工作；贯彻执行省财政的转移支付制度，指导乡镇财政管理体制改革工作；指导、监督市（区）财政收支平衡工作。
（四）国库科
承担拟订国库管理制度、财政总预算会计核算制度；承担本级财政资金调度和财政总预算会计工作；统一管理本级财政资金账户；分析全市预算执行情况；汇总编制全市财政总决算；统一管理市财政及本级预算单位的银行账户开立、变更和备案；承担国债兑付及相关管理工作；研究和推行国库集中收付制度；指导下级财政总预算会计工作。
（五）综合科
拟订全市非税收入管理政策；承担本级非税收入管理工作；承担政府性基金立项的审核、报批工作，参与行政事业性收费项目、标准的审核工作；承担罚没财物收入管理工作；拟订彩票管理制度，承担彩票收益分配和市场监管工作；承担国土、海域、矿产、彩票公益金等专项收入和政府性基金的管理工作；承担交通、交警专项资金的管理工作；承担财政票据的管理工作；参与监管住房保障和住房公积金。
（六）行政政法科
承担行政、政法（含劳教、监狱）、人口计生、档案、物价、外经贸、旅游、安全生产等方面的部门预算有关工作；拟订行政性经费的财务管理制度和开支标准；承担市安排的现役部队、武装警察部队专项资金等方面经费管理工作；承担市安排的垂直部门经费管理工作；承担行政、政法部门因公出国（境）经费审核工作；承担行政、政法部门办公场所修缮及设备购置等专项经费管理工作；承担相关项目的贷款业务；承担出差和会议定点饭店采购及日常管理事务、统一着装管理工作。
（七）教科文科
承担教育、科技、文化、园林、城管、住房和城乡建设、城乡规划等方面的部门预算有关工作；承担教育、科技、文化、出版、广播电视、体育、地震及其他部门事业经费管理工作；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作；承担相关项目的贷款业务。
（八）工贸发展科
贯彻执行国家与企业分配政策和产业政策，拟订并落实市财政支持工贸发展和现代产业建设政策；监督执行工交、商贸等企业财务制度；承担市财政支持现代产业、环境保护、安全生产等服务经济社会发展的财政专项资金的管理工作，拟订粮食等重要物资储备的财政政策，承担有关资金管理工作；调查企业运行、税收情况，配合做好经济分析和预算编制；承担资产评估行业监管工作；协同有关部门组织拟订国有资本经营预算制度、本级国有资本经营预算编制、执行和监督工作。
（九）农业科
承担农业、林业、海洋渔业、水务、国土、气象、扶贫等方面的部门预算有关工作；承担契税、耕地占用税的征收管理工作；承担农口部门有关专项资金；拟订财政支农资金管理办法；承担村庄规划、乡镇廉租住房保障专项补助资金管理工作；承担相关项目的贷款业务；承担税收政策调查研究有关工作。
（十）经济建设科
参与投资体制改革有关工作和财政性资金年度投资计划安排；参与编制本级经济建设支出预算草案，下达基本建设支出预算；核拨基本建设项目资金；参与国债投资项目的资金安排、审核和监督；参与审核财政性资金投资项目工程概算，审核该类工程预、结算和竣工财务决算；指导和监督国有建设单位执行财务会计制度；承担对本级有关部门直接组织实施的财政投资重大工程项目的财务监管和对其他项目财政性投资的财政监督和管理工作；参与工程造价管理；承担本级城市建设和本级投融资平台债务的新增、延期、偿还等日常管理工作，配合做好其他项目的贷款业务；拟订代建项目财务制度。
（十一）社会保障科
承担人力资源、社会保障和就业、技校、医疗卫生等方面的部门预算有关工作；拟订社会保障资金财务管理制度；承担社会保障资金财政监管工作；编制本级社会保障预决算；提出有关收入分配政策及相应改革方案建议；执行养老、医疗、失业、工伤、生育等社会保险基金财务管理制度；承担社会保险基金财政监管工作；审核全市社会保险基金预、决算，参与研究社会保险制度改革和制订相关政策；参与社会保险基金收缴、拨付、核算等管理工作；承担相关项目的贷款业务。
（十二）外经金融科
贯彻和执行涉外、地方金融机构的财政政策；指导和监督外经贸、旅游、外商投资企业执行财务会计制度；承担地方金融机构财务监管；承担境外企业和有关涉外收入的监缴和财务管理工作；承担地方政府外债管理；承担全市投融资平台借款的统计工作；办理外国政府贷款及国际金融组织贷款和转贷业务；承担审核和监督外经专项资金的使用；承担非贸易外汇管理工作。
（十三）会计科
承担全市会计管理工作；承担会计人员从业资格管理和会计电算化指导监督工作；指导代理记账工作；承担对会计师事务所设立的审核报批工作；承担注册会计师行业的有关监管工作。
（十四）绩效评价科
承担财政支出绩效管理工作；承担会计决算工作；执行财政资金支出绩效评价管理的有关政策和制度；拟订财政支出绩效评价指标体系、评价标准及业务规范；组织实施财政支出绩效评价；组织开展企业、行政事业单位等会计决算报表汇总和分析工作，提出建立公共资源统计报告制度和建立公共资源数据库的建议。
（十五）行政事业资产管理科
组织拟定本级行政事业单位国有资产管理的规章制度；组织拟订本级行政事业单位资产配置及资产费用标准，参与提出有关年度预算计划；承担本级行政事业单位车辆购置专项经费管理工作；承担本级行政事业单位国有资产配置、处置和对外投资、出租、出借、担保等事项审批工作；承担本级行政事业单位国有资产收益监缴和对未脱钩经济实体及行政事业单位创办的具有法人资格的企业国有资产的监管工作；承担产权登记、产权界定、产权纠纷调处、资产评估、资产清查、统计报告等工作；承担重点行政事业单位派驻财务总监的工作。
（十六）政府采购管理科
监督执行政府采购政策；负责制定本级政府采购管理规章制度；拟订政府集中采购目录、政府采购限额标准；参与审核本级政府采购预算；管理本级政府采购方式；负责政府采购业务代理机构的登记备案；监督管理本级政府采购活动；处理政府采购供应商投诉；对本级集中采购机构进行考核。
（十七）监督检查办公室
依法对财政收支进行监督检查；依法对国家机关、社会团体、企业、事业单位和其他组织会计信息质量进行监督检查；对监督检查发现的违法违规问题进行依法处理；配合做好属下单位干部离任审计。
（十八）农业综合开发办公室
拟订农业综合开发项目、资金管理和财务管理制度；组织编制农业综合开发计划及中长期规划、年度预算和决算；承担财政性农业综合开发资金安排及管理；开展项目前期准备和申报工作；按计划组织项目实施，检查项目和资金的执行情况，组织项目竣工验收。
（十九）人事教育科
承担局机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资工作；拟订并组织实施财政系统教育规划；承担局机关和直属单位党群工作和本局离退休干部管理；承担因公因私出国（境）的报批等工作；协助开展局纪检监察和作风建设方面的工作。
