沼气发酵是一个复杂的生物化学过程，具有以下特点 ：
（1）参与发酵反应的微生物种类繁多，没有应用单一菌种生产沼气的先例，在生产和试验过程中需要用接种物来发酵。
（2）用于发酵的原料复杂，来源广泛，各种单一的有机质或混合物均可作为发酵原料，最终产物都是沼气。此外，通过沼气发酵能够处理COD质量浓度超过50000mg/L的有机废水和固体含量较高的有机废弃物。
（3）沼气微生物自身能耗低，在相同的条件下，厌氧消化所需能量仅占好氧分解的1/30~1/20。
（4）沼气发酵装置种类多，从构造到材质均有不同，但各种装置只要设计合理均可生产沼气。
（5）产甲烷菌要求在氧化还原电位-330mV以下的环境生活，沼气发酵要求在严格的厌氧环境中进行。
