地下水的过分开采，也是引发海水倒灌的重要因素。在许多城市和工矿区，地面自来水不够用，就打井抽取地下水。随着人口的增长和生产的发展，采取地下水的量越来越大，而地下水的自然补充和恢复又跟不上，如此入不敷出，天长地久就形成一个地下水面以城市和工矿区为中心，中间深，四周浅的大漏斗。早年井水离地面不过两三米的地方，如今井深60米也不见水了。更严重的是，超量开采地下水，还造成地面沉降，建筑物开裂、倾斜，影响安全。全国已形成漏斗区面积达8.7万平方公里，相当于5个北京市的面积。土壤中含有水层，人类过度开采，导致水层消失，那么那一部分就是空的了，形成了漏斗区，在未来的某一天要么海水倒灌，要么地表下沉，结果还是海水倒灌，大陆成孤岛，形成礁石，最后消失在大海中。
