海水西调有五大问题，已提出对策：

1、盐碱化问题，引水渠沿内蒙边境盐碱干涸洼地，故盐碱化影响甚微。

2、能源问题，中国电能已供大于求，现有水火电站机容量2.5万亿千瓦，实际运行仅1.15万亿千瓦，开工不足一半。3、资金，工程提水站一次性投资不大，而且要在30-50年以后实施，届时中国经济发达，是西北战略性基础工程。海水西调工程运行投资巨大，但产出更大。例如：年增降水1000亿立方米的海水淡化水，按国际价格计算为1000亿美元，为我国2000年GDP的1/10。

4、水汽损失估价，海水西调进入西北经太阳能蒸发，西风带推动究竟有多少水资源降落在西北地区？据估计调水蒸发水汽大部分降落在包头—兰州一线300mm降水线以西，即使东逸可以兼顾陕、甘、宁和河北、山西地区，理论分析表明海水西调水汽损失率大体与西北湿地自然退缩率相当。

5、冬季运行。海水西调经北纬42度线，冬季冰下照常流水，而且可以取冰制淡水，仅内蒙东西长3000km可供水植树种草，形成50-60km宽、3000km长的中国第一防风沙林带。