列入《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》（IUCN）——濒危（EN）。
清水圆柏依据IUCN物种保育等级评估表（1994），为严重濒临绝灭。清水圆柏族群分布区小于100平方公里，实际占有面积小于10平方公里，族群被严重隔离，仅剩之生育地少于5个，且栖地之范围、面积与品质持续下降。清水山及岚山地区的清水圆柏曾遭挖采。
清水圆柏树型优美，为盆景理想素材，是庭栽观赏及高级盆景树种，因此野生个体常遭盗采。加上野外族群本来就不大，小苗更新的状况也差，因此严重濒临灭绝，被台湾农委会与经济部依文化资产保存法公告为珍贵稀有植物，目前仍未解除。2100433B
